Veebruaris 1940 esitas NSV Liit maavägede paigutamiseks vajaminevate kapitaalsete püsiehitiste programmi projekti. Veebruaris-märtsis nõuti täiendavaid baasialasid Osmussaarele, Saare- ja Hiiumaale. 1940 kevadel peetud läbirääkimiste tulemusel nõustus Eesti Valitsus 10 000 ehitustöölise toomisega Venemaalt Eestisse baasidesse, kellele lisaks palgati Eestist veel 10 000 töölist. 15. mail 1940 allkirjastasid Eesti Vabariigi saadik Nõukogude Liidus August Rei ja NSV Liidu Rahvakomissaride Nõukogu esimees Vjatšeslav Molotov vastava lepingu. Lepingu lisad sisaldasid Nõukogude Liidu sõjaväebaasidele eraldatavate maa-alade loetelu ja kaartide komplekti.
Osasid Venemaalt Eestisse juurde toodud töölisi või nendega koos saabunud aktiviste võidi kaasata 1940. aasta juunipöörde korraldamisel.
„Kokkulepe Eesti Vabariigi Valitsuse ja NSV Liidu Valitsuse vahel maa-alade eraldamise kohta mereväe baaside, sõjaväeasulate, baasi- ja operatiivaerodroomide, tanki-, suurtükiväe- ja lennuväepolügoonide, õppe- ja laskeväljade ehitamiseks, rannapatareide püstitamiseks ja teiste küsimuste kohta, mis seotud NSV Liidu maa-, õhu- ja merejõudude viibimisega Eestis.
Kooskõlas 28. septembril 1939 Eesti Vabariigi ja NSV Liidu vahel sõlmitud Vastastikuse abistamise paktiga, allakirjutanud, ühelt poolt Eesti Vabariigi Valitsuse ja teiselt poolt NSV Liidu Valitsuse, täisvolinikud, oma Valitsuse nimel, sihiga eraldada maa-alasid Nõukogude relvastatud jõudude vajadusteks Eesti territooriumil ja korraldada sellega seotud küsimusi, leppisid kokku järgnevas:
- Artikkel 1.
Mereväe baaside ja sõjaväeaerodroomide loomiseks, samuti nende kaitseks määratud NSV Liidu relvastatud maa- ja õhujõudude majutamiseks Eestis, nende jõudude lahingettevalmistuse kindlustamiseks ja Leppeosaliste mere- ja maapiiride, eriti Balti mere ranniku, kindla kaitse loomiseks, Eesti Valitsus annab Paldiski-Klooga järve rajoonis ja Saaremaal ning Hiiumaal, samuti Väike-Pakri ja Suur-Pakri saartel ja Osmussaarel maa-alad (ühes nendega külgneva vee-alaga), milliste suurus ja üleandmise tähtajad on kindlaks määratud juurdelisatud loetelus ja kaartidel.
- Artikkel 2.
Tähendatud rajoonides asuvate maa-alade täpne asukoht ja piirid määratakse kindlaks Eesti Vabariigi Sõjaministeeriumi ja Eestis asuva Nõukogude maa- ja merejõudude juhatuse vastastikusel kokkuleppel pärast vastavaid uuringuid.
Eraldatud maa-alad peavad vastama ettenähtud otstarveteks kõlblikkuse nõuetele.
Maa-alade ja nendega seoses olevate hoonete ja ehitiste eraldamine toimub rendikasutuse alustel, mille kord ja tingimused määratakse erikokkuleppega Eesti Vabariigi ja NSV Liidu vahel, kusjuures kõik need maa-alad jäävad – kooskõlas Vastastikuse abistamise paktiga – Eesti Vabariigi territooriumiks.
NSV Liidu relvastatud jõudude juhatusele antakse õigus, kokkuleppel Eesti kompetentsete organitega, omandada maa-aladele jäävaid istandusi, ehitisi ja muid varasid sobiva hinnaga. Mõntu sadam Sõrve poolsaarel ja Papisaare sadam Saaremaal omandatakse NSV Liidu relvastatud jõudude juhatuse poolt.
- Artikkel 3.
Käesoleva kokkuleppe artiklite 1 ja 2 kohaselt eraldatud maa-aladelt evakueeritakse kõik Eesti kodanikud, ettevõtted ja asutised.
Evakueerimine teostatakse kahenädalase tähtaja jooksul, arvates maa-alade eraldamise silmapilgust. Kohtades, mida vahenditult ei kasutata sõjaväeliste objektide, sõjaväeasulate, aerodroomide, laskeväljade, tankodroomide ja polügoonide ehitamiseks, võib evakueerimine teostuda – kokkuleppel NSV Liidu relvastatud jõudude juhatusega – ka hilisematel tähtaegadel, kuid siiski nii, et evakueerimise lõpu viimaseks tähtajaks oleks 1.oktoober 1940.a.
- Artikkel 4.
Nõukogude vägede poolt ajutiselt kasutatavad rajoonid ja ruumid – välja arvatud Tallinna sadam, mille kasutamine (NSV Liidu mere-sõjaväelaevastiku seismiseks) kuni alalise mereväe baasi seadistamiseni Paldiskis toimub 28. septembri 1939.a. konfidentsiaalse Protokolli nr. 3 kohaselt, - tulevad vabastada seda mööda, kuidas valmivad ruumid alalise majutamise kohtades.
Ajutiselt, tähtajaga kuni 2 aastat, Eesti Valitsus annab Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis õiguse baseerida sõjalaevastiku kergeid jõude Rohuküla sadamale, õigusega teostada hüdrotehniliste ehitiste remonti, samuti püstitada ajutisi baasehitisi, töökodasid ja ladusid.
Ajutise paigutamise rajoonides majutatud Nõukogude relvastatud jõudude evakueerimine käesoleva artikli kohaselt lõpetatakse: mandril – hiljemalt 1.jaanuariks 1941.a. ja saartel – hiljemalt 1.detsembriks 1941.a.
Ülaltähendatud rajoonides Punaarmee ja Baltimere Punalaevastiku poolt püstitatud ja sinna jäetud kapitaalseid ehitisi (nagu: nende poolt ehitatud leivaküpsetused, köögid, söögisaalid, laod, kuurid jne.), välja arvatud mahavõetavad seadeldised, võib Eesti Vabariigi valitsus omandada nende ehitiste kasutusaja lõpul Kaubandusliku Esindusega kokkulepitud hinnaga või Kaubanduslik Esindus võib nad müüa eraisikutele.
- Artikkel 5.
Eraldatud maa- ja veealadel antakse Eesti Valitsuse poolt Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis õigus kasutada olevaid sadamaid, laevasildu, hooneid ja muid ehitisi, samuti õigus ehitada uusi sadamad, muule, laeva peatuskohti, ladusid, hüdrotehnilisi sadamaehitisi, jaamu, aero- ja hüdrodroome, elu- ja ametruume, töökodasid, raud-, kivi- ja maanteid, ja muid ehitisi laevastiku baseerimise, aerodroomide teenimise ja Eesti territooriumil asuvate Nõukogude relvastatud maa-, mere- ja õhujõudude kõigi vajaduste kindlustamiseks.
Hoonete tüübi valiku otsustab Nõukogude relvastatud jõudude juhatus Eestis.
- Artikkel 6.
Baseeruva laevastiku, aerodroomide ja maajõudude kindlustamiseks kallaletungi vastu merelt ja õhust antakse Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis õigus püstitada käesoleva kokkuleppe artikli 1 kohaselt eraldatud maa-aladel iga kaliibrilisi rannapatareisid piiramatul arvul, samuti õigus ehitada nende kaitseks vajalikke kindlustusi, kaasa arvatud raudtee- ja lülikpatareid, õhukaitsepatareid, helgiheitjate jaamad, vaatlus-, teate- ja sidepostid.
- Artikkel 7.
Nõukogude merejõudude juhatusel Eestis on õigus pidada vastavat ametkoosseisu rannapatareide, merebaaside ja aero- ja hüdrodroomide teenimiseks ja valvamiseks.
- Artikkel 8.
Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis antakse üle Vastastikuse abistamise pakti kehtivuse ajaks tuletornid seadeldistega, kõik nende teenimiseks määratud ja nende juurde kuuluvad hooned, päästejaamad, juurdeveoteed ja laevasillad kõige vara ja seadeldistega, kaasa arvatud ujuvabinõud, järgmistes kohtades: Pakri, Osmussaare, Tahkuna, Ristna, Kõpu, Sõrve kui tuletornid, mis on seotud Nõukogude relvastatud jõudude ainukasutusse antud territooriumidega.
Tuletornide üleandmise ja teenimise kord määratakse erikokkuleppega.
- Artikkel 9.
Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis antakse õigus iseseisvalt kindlaks määrata temale eraldatud maa-aladel laevasõidu, lendude ja veerajooni-kaitse režiimi, teatades vastavad andmed selle režiimi kohta Eesti Sõjaministeeriumile.
Baaside ja aerodroomide maa-aladega külgnevates vetes määratakse kindlaks keeluvöönd, arvates rannajoonest: kalapüügiks Paldiski, Väike-Pakri, Suur-Pakri, Osmussaare, Tahkuna, Sõrve ja Kõiguste rajoonides – 2 miili, muis rajoonides – 1 miil, ent kauba- ja sõjalaevade sõiduks kõigis rajoonides – 3 miili.
Igal üksikul juhul Eesti Sõjaministeeriumi avaldusel võib Nõukogude relvastatud jõudude juhatus välja anda Ministeeriumi kaudu loa Eesti sõja- ja kaubalaevade sõiduks tähendatud vetes, samuti reidide ja sadamate kasutamiseks nende laevade seismiseks, lossimiseks ja laadimiseks.
Mainitud vete piirides lubatakse Eesti kodanikel kalastada ainult Nõukogude relvastatud jõudude juhatuse poolt Eesti Sõjaministeeriumi avaldusel väljaantud loa alusel perioodideks, kui nende vete rajoonis ei teostata NSV Liidu merejõudude erilisi õppusi.
- Artikkel 10.
Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis antakse õigus baaside ja aerodroomide maa-alade, kui ka keelatud veevööndite piirides sisse seada üldist ja erirežiimi.
Eesti piirivalve-, tolli-, politsei- ja muud administratiivvõimud juhul, kui esineb vajadus nende ülesannete teostamiseks mainitud maa-aladel, pöörduvad Eesti Sõjaministeeriumi kaudu Nõukogude relvastatud jõudude juhatuse poole Eestis ja tegutsevad ainult kokkuleppel viimasega.
- Artikkel 11.
Keeluvööndid NSV Liidu sõjalennukite lendudeks Eesti Vabariigi territooriumi kohal määratakse kindlaks Eesti Sõjaministeeriumi poolt ja teatatakse Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis.
Eesti Valitsus ei takista Nõukogude relvastatud jõudude lennukite lendude teostamist Eestist NSV Liitu ja vastupidi, tingimusel, et sellest õigeaegselt ette teatatakse. Tähendatud lendudeks määratakse kindlaks vastastikusel kokkuleppel järgmised alalised koridorid:
- esimene – põhja pool raudteed – Narva, Rakvere, Tapa, Mustjõe jaam, Kohila ja aerodroomi rajoon;
- teine – Piirissaar – Voldi jaam – Türi – Rapla – aerodroomi rajoon.
- Artikkel 12.
Eesti Sõjaministeerium ei luba oma lennukite lende Nõukogude relvastatud jõududele Eestis käesoleva Kokkuleppe artiklite 1 ja 2 kohaselt eraldatud maa-alade ja veerajoonide kohal, samuti sõjalaevade seismiskohtade ja sõjaväeliste objektide kohal, mis asuvad väljaspool tähendatud maa-alasid ja rajoone.
Mainitud lendude vajaduse korral Saaremaa, Hiiumaa, Väike-Pakri, Suur-Pakri, Osmussaare ja Paldiski-Klooga rajooni kohal, Eesti Sõjaväe juhatus lepib aegsasti kokku lendude küsimuses Nõukogude relvastatud jõudude juhatusega Eestis.
- Artikkel 13.
Eesti Sõjaministeerium ja Nõukogude relvastatud jõudude juhatus Eestis kohustuvad vastastikku õhuvaatluse-, teate- ja sideteenistuse abil jälgima ja õigeaegselt teatama üksteisele lennukite ilmumisest, mis ei kuulu Eesti ega Nõukogude õhulaevastikku.
- Artikkel 14.
Eesti meteoroloogiline teenistus, ühelt poolt ja Eestis asuvate Nõukogude relvastatud jõudude meteoroloogiline teenistus, teiselt poolt, vahetavad igapäev kõiki meteoroloogilisi kokkuvõtteid, mis määratud lennuteenistuseks, samuti hoiatavad vastastikku õigeaegselt üksteist tähelepandud torminähteist.
- Artikkel 15.
Eesti Valitsus kindlustab Nõukogude relvastatud jõududele Eestis sügis- ja talveperioodidel ja seal, kus see võimalik, ka suvisel ajal, tasuta rajoonide saamise, mis vajalikud taktikaliste õppuste (manöövrite) läbiviimiseks.
Aineline kahju, mis tekitatud Eesti kodanikele ja asutistele külvide, istanduste, samuti mitmesuguse vara rikkumise tõttu tähendatud taktikaliste õppuste (manöövrite) tagajärjel, tasutakse NSV Liidu sõjaväejuhatuse arvel. Kahjutasu määr ja kord määratakse ühiselt kindlaks Eesti Sõjaministeeriumi, Eestis asuvate Nõukogude relvastatud jõudude juhatuse ja NSV Liidu Kaubandusliku Esinduse esindajate poolt.
- Artikkel 16.
Saadetiste sorteerimiseks, mis sihitud NSV Liidust maa- ja mereväe jõududele raudteede kaudu ja mis tulevad edasi vedada Rohuküla sadama või Klooga ja Paldiski jaamade suunas, antakse Nõukogude relvastatud jõudude juhatusele Eestis õigus omada Keila jaamas Sõjaväeühenduste (VOSO) ühendatud teenistust, koosseisus kuni 5 isikut Nõukogude Sõjaväe ametkonnast.
- Artikkel 17.
Eesti Valitsus aitab kaasa kõigi temast olenevate abinõudega Eestis asuvate Nõukogude relvastatud jõudude vajadusteks teostatavaile vastavate saatiste vedudele NSV Liidu piirist kuni eraldatud maa-aladeni (ja vastupidi), nimetatud maa-alade vahel ja samuti teistest Eesti territooriumi kohtadest tähendatud maa-aladele, andes selleks – kokkuleppe hinnaga või kehtiva tariifi alusel – vee- ja igasuguseid muid veovahendeid.
Eesti Valitsus osutab samuti täit kaasabi Eestis asuvate Nõukogude relvastatud jõudude varustamises – kokkuleppel vastavate ettevõtetega – elektrienergiga allikaist, mis asuvad väljaspool käesoleva Kokkuleppe kohaselt eraldatud maa-alasid, samuti dokkide ja remonttöökodade kasutamise kindlustamiseks.
- Artikkel 18.
Nõukogude alalise teeniva (Väliskaubanduse Rahvakomissariaadi erikaubanduse süsteemis oleva) personali arv sõjalaevastiku ja korpusosade jaoks ei tohi ületada 700 inimest.
- Artikkel 19.
Baasi- ja operatiivaerodroomidele juurdepääsu julgestamiseks lennukitele, Eesti Valitsus kindlustab, oma vahenditega ja kokkuleppel Nõukogude relvastatud jõudude juhatusega Eestis kindlaksmääratud tähtaegadeks, metsade maharaiumise 300 meetri ulatuses ümber lennuväljade piiride ja kohustub kuni 1 kilomeetri ulatuses mitte ehitama kõrgepingeliine, samuti mitte püstitama torne ja hooneid kõrgusega üle 15 meetri ja mitte lubama selliseid ehitamisi eraisikutel.
NSV Liidu sõjaväejuhatus katab 15% käesoleva artikli korras teostatud metsaraiete kuludest, välja arvatud juhud, kui maharaiumisele kuuluv mets omandatakse Sõjaväe juhatuse poolt.
- Artikkel 20.
Käesoleva Kokkuleppe allakirjutamisega tühistuvad:
- Eesti Vabariigi esindajate ja NSV Liidu sõjaväelise delegatsiooni istungi Protokoll 10. oktoobrist 1939, kusjuures selle Protokolli punkt 1 kaotab jõu seda mööda, kuidas teostub käesoleva Kokkuleppe artiklis 4 ettenähtud evakueerimine;
- NSV Liidu sõjalaevastiku Hiiumaal ja Saaremaal baseerimise kohta käiva kokkuleppe Protokoll nr.1, 11. oktoobrist 1939;
- Paldiski maa-ala ja akvatooriumi NSV Liidu käsutusse üleandmise kohta käiva kokkuleppe Protokoll nr.2, 11.oktoobrist 1939.
- Artikkel 21.
Käesolev Kokkulepe jõustub tema allakirjutamise silmapilgust ja kuulub järgnevalt kinnitamisele mõlema Valitsuse poolt viie päeva jooksul.
- Artikkel 22.
Käesolev Kokkulepe kehtib 28. septembril 1939 sõlmitud Eesti Vabariigi ja NSV Liidu vahelise Vastastikuse abistamise pakti kogu kehtivustähtaja kestel.
- Artikkel 23.
Käesolev Kokkulepe on koostatud kahes algkirjas, kumbki eesti ja vene keeltes, kusjuures mõlemal tekstil on võrdne jõud.
Kokkuleppele on juurde lisatud:
1. Eraldatavate maa-alade loetlu 3 lehel.
2. Kaartide komplekt 4 lehel.
A. Rei
V. Molotov
Moskvas, 15. mail 1940. aastal“
