1991. aastast töötab Jürgenson välisministeeriumis, mil ta asus tööle Eesti saatkonnas Helsingis. Aastatel 1993–1995 oli ta Eesti saatkonnas Viinis. 1996. aastani oli ta välisministeeriumi rahvusvaheliste organisatsioonide ja julgeoleku büroo juhataja ning poliitikaosakonna juhataja asetäitja, siis kuni 1998. aastani poliitikaosakonna peadirektor. Samal ajal oli ta ka Tallinnas resideeriv Eesti suursaadik Türgis.[1]
Aastatel 1998–2000 oli ta Eesti suursaadik ÜRO juures ning 2000–2003 Eesti suursaadik Ameerika Ühendriikides. Pärast seda oli ta kuni 2006. aastani välisministeeriumi poliitikaküsimuste asekantsler.[1]