Sam Nujoma sündis Namiibia põhjaosas Ongandjeras. Ta oli 11-lapselise pere vanim laps. Sam Nujoma ema Helvi Mpingana Kondombolo oli üks kõige vanemaks elanud namiibialasi; ta suri 2008. aastal 110-aastaselt. Suure osa lapsepõlvest veetis Sam pere loomi karjatades ja nooremate õdede-vendade järele valvates. Aastatel 1937–1945 käis ta Okahaos Soome misjonikoolis. Aastal 1946 kolis ta Walvis Baysse tädi juurde, kus asus tööle poeabilisena. Kolm aastat hiljem asus ta elama oma onu juurde Windhoeki, kus hakkas tööle raudteel ja õppis õhtukoolis. 1950. aastate algusest osales Nujoma ametiühingutöös.[1]
Aastal 1957 lahkus Nujoma töölt, et asuda aktiivsemalt vastupanuliikumisega tegelema. Koos Andimba Toivo ya Toivoga asutas ta 1959. aastal Ovambomaa Rahvaorganisatsiooni, tulevase SWAPO eelkäija. Samal aastal ta vahistati, kuid tal õnnestus maapakku pääseda. Aprillis 1960 valiti Nujoma eksiilis olevana äsjaasutatud Edela-Aafrika Rahvaorganisatsiooni esimeheks.[1]
1960. aastatel võttis Nujoma endale lisanime Shafiishuna, mis tähendab ambo keeles välku.
Pärast 29-aastast eksiili pöördus Sam Nujoma 1989. aastal kodumaale tagasi. Ta valiti parlamendi liikmeks ja parlament valis ta iseseisva Namiibia esimeseks presidendiks.[1] Ta valiti ametisse tagasi aastatel 1994 ja 1999.[2] Neljandaks ametiajaks ei lubanud põhiseadus teda enam valida ning 2005. aastal valiti presidendiks Hifikepunye Pohamba. Novembris 2007 sai Pohamba ka Edela-Aafrika Rahvaorganisatsiooni esimeheks.
Sam Nujoma on saanud palju välisriikide aumärke ja aunimetusi, sealhulgas 1973. aastal Rahvusvahelise Lenini rahupreemia[1] ja 1996. aastal Hea Lootuse ordeni (Order of Good Hope, LAV).
