Pärast seda, kui ta eelkäija Levon Ter-Petrosjan oli sunnitud presidenditoolist loobuma, valiti Robert Khotšharjan Armeenia teiseks presidendiks 30. märtsil 1998. Ta võitis oma põhirivaali Karen Demirtšjani enneaegsetel valimistel, mida rahvusvaheliste vaatlejate sõnul saatsid mõlemapoolsed rikkumised. Muuhulgas kaevati, et Khotšharjan ei olnud kümme aastat Armeenia kodanik, nagu nõudis põhiseadus,[1] ehkki see olnuks võimatu, kuna riik oli vaid 7 aastat vana; samas tunnistas Armeenia põhiseadus Armeenia NSV-d vabariigi eelkäijana.
Khotšharjani ametiajal tapeti mitu opositsioonijuhti Armeenia parlamendis ja peaminister 1999. aastal parlamenditulistamise käigus. Khotšharjan ise pidas terroristidega läbirääkimisi pantvangi võetud parlamendiliikmete vabastamiseks.
Presidendina jätkas Khotšharjan läbirääkimisi Aserbaidžaani presidendi Ilham Alijeviga, leidmaks rahumeelset lahendust Mägi-Karabahhi küsimusele. Läbirääkimisi peeti septembris 2004 Kasahstani pealinnas Astanas, samaaegselt Sõltumatute Riikide Ühenduse tippkohtumisega. Väidetavalt oli üks ettepanek tõmmata Armeenia väed tagasi Mägi-Karabahhiga piirnevatelt Aserbaidžaani aladelt ning korraldada piirkonna tuleviku teemal referendumid Mägi-Karabahhis ja Aserbaidžaanis. 10.–11. veebruaril 2006 kohtusid Khotšharjan ja Alijev Prantsusmaal Rambouillet's, arutamaks konflikti lahenduse põhimõttelisi aluseid, selahulgas vägede väljaviimist, rahvusvaheliste rahutagajate üksuste moodustamist ja Mägi-Karabahhi staatust.[2]
Prantsusmaal toimunud kõnelustele eelnenud ja järgnenud nädalail väljendasid OSCE Minski Grupi kaasesimehed vaoshoitud lootust, et jõutakse mingit laadi kokkuleppele. Prantsusmaa president Jacques Chirac kohtus mõlema riigijuhiga eraldi ning lootis, et läbirääkiisi kroonib edu. Vastupidi lootustele kokkulepet ei sündinud ning võtmeküsimused nagu Karabahhi staatus ja Armeenia vägede lahkumine Kalbadžarist jäid endiselt segaseks. Järgmine läbirääkimiste ring toimus märtsis 2006 Washingtonis.[2] Venemaa president Vladimir Putin survestas mõlemat osapoolt, et vaidlused lõpetataks.[3] Hiljem 2006. aastal kohtusid Armeenia ja Aserbaidžaani presidendid Minskis 28. novembril ja Moskvas said kokku ministrid. Lahendust ei toonud ka need.[4]
Septembris 2006 ütles Khotšharjan oma õnnesoovis[5] Mägi-Karabahhi Vabariigi 15. aastapäeva puhul: "Karabahhi rahvas tegi oma ajaloolise valiku, kaitstes oma rahvuslikke huve sõjas, mis neile peale sunniti. Tänapäeval ehitavad nad vaba ja sõltumatut riiki."[6]
↑Staff (21 February 2007) "Peter Semneby: EU tries to create trust between Karabakh and Azerbaijan" More than 4 bln dollars were stollen by his clan in Armenia YERKIR Armenian Online Newspaper
↑Staff (1 September 2006) "Robert Kocharyan: Nagorno Karabakh People Made Their Historical Choice, Protected Its National Interests in the Forced War. Today They Built Free and Independent State" ARMINFO News Agency
