1206. aastal sai Otto vastukuningalt Philippilt lüüa ning paistis, et Saksa ainukuningaks tõuseb just viimane. Kuid Otto von Wittelsbach tappis tolle 1208 ja Otto IV-l õnnestus lõplikult kindlustada ka paavstInnocentius III toetus, kes ta 1209 keisriks kroonis.
Et paavstivõim oli toona oma võimsuse tipul, siis leidis Otto, et peab jõudude vahekorda enda kasuks muutma, ning asus keisri võimu suurendama paavsti arvel. Otto IV tegi vahepeal mitu poliitilist eksimust, mistõttu Innocentius otsustas 1207 hakata Philippi toetama. Ta saatis 2 kardinali legaatidena Saksamaale, et sundida Ottot trooninõudlusest loobuma, ent Otto mõrvas 21. juunil1208 Philippi, sest too ei andnud talle naiseks tütart, keda ta oli varem talle lubanud. Frankfurdi riigipäev tunnistas 11. novembril 1208 Otto IV Saksamaa kuningaks, paavst kutsus ta Rooma ja kroonis ta 4. oktoobril1209Rooma Peetri kirikus Saksa-Rooma keisriks. Enne kroonimist lubas Otto tunnustada laienenud Kirikuriiki, loovutada kirikule Spoleto ja Ancona, tagada piiskoppide valimiste vabadus ning jätta paavstile piiramatu apellatsiooniõigus ja ainupädevus vaimulikes asjades. Samuti lubas ta aidata purustada ketserlust (Neussi stipulatsioon, mida korrati taas Speyeris 1209).
Vaevalt oli Otto oma võimu Saksamaal kindlustanud, kui ta taganes varasematest lubadustest, tungis Lõuna-Itaaliasse ning vallutas Ancona ja Spoleto. Peale selle läänistas ta Kirikuriigile lubatud alad oma sõpradele. Innocentius III manitses esmalt Ottot ja siis ekskommunitseeris ta 18. novembril1210, korrates otsust taas 31. märtsil1211. Paavst asus seejärel toetama Friedrichit, Friedrich von Hohenstaufen valiti 1211 Friedrich II-na Saksamaa kuningaks ning kes lubas 12. juulil1213Egeri kuldbullaga tunnustada laienenud Kirikuriiki ja Sitsiilia sõltumatust, et vältida selle liitmist Saksa-Rooma keisririigiga. Paavsti tunnustusel krooniti Friedrich 12. juulil1215 Aachenis Saksamaa kuningaks.
Otto ei leppinud Friedrichi kroonimisega ning asus viimase vastu sõtta. 1215. aastal sai ta aga rängalt lüüa ning kaotas tegeliku võimu. 1218. aastal, kui ta suri, läks kogu võimutäius Saksa-Rooma riigis Friedrich II-le, kes viimase Hohenstaufenist keisrina Saksa-Rooma keisririigi hiilguse tipule viis.