Mustoja pikkus on 26,3 km ja valgla pindala 138,9 km2. Jõe lähe asub Võipere külas ja see suubub Mustoja külas Soome lahte.
Jõel asub kolm paisu: Vihula alumine ehk Mustoja Saeveski pais (5,7 km kaugusel suudmest), Vihula mõisa pais (6,8 km suudmest) ja Vihula ülemise paisjärve pais (7,5 km suudmest).
Mustoja aasta keskmine arvutuslik vooluhulk Vihula alumise paisu lõikes on 1,2 m3/s.