1857. aastal omandas Muraste mõisa naabermõisa Rannamõisa omanik Otto von Budberg ning Murastest sai Rannamõisa mõisakõrvalmõis, kuigi Rannamõisa mõisaomanikud elasid sellest ajast peale Murastel.
Alates 1880. aastatest kuulus Muraste (ja ka Rannamõisa) von Weymarnide aadliperekonnale, kelle kätte jäi mõis kuni võõrandamiseni 1919. aastal maareformi käigus.
1920. aastal avati mõisa härrastemajas Eesti Punase RistiMuraste Lastekodu. Mõisa härrastemajas oli 1920–1995 lastekodu, lastekodu tarbeks püstitati peahoonest edela poole 1980tel aastatel uus kogukas mitme tiivaga hoone, mis ühendati mõisahoonega galerii abil. 1996. aastal proovis Eesti Erastamisagentuur müüa edutult Muraste lastekodu kompleksi (koolimaja-internaat, saun-pesumaja, pumbamaja, ladu garaaž, katlamaja, garaažid, tuletõrje-veemahuti, biopuhasti, töökoda-õppeklass, puurkaev, trassid, aiandi katlamaja ja aiamaja)[2]. Müügi ebaõnnestumise[3] järel müüs Harju maavalitsus Muraste lastekodu internaadihoone ja ka teisi objekte kogu kompleksist eraldi[4]
1998. aastal ostis Jaan Mölder ligi poole miljoni krooni eest Tallinna–Rannamõisa–Kloogaranna tee lähedal asuva Muraste mõisa[5]. Eesti Punane Rist müüs kahekorruselise mõisahoone koos endise lastekodu tarbeks juurde ehitatud hoone ja mõisa juurde kuuluva maaga, kuna muinsuskaitse all oleva hoone hooldamine käis organisatsioonil üle jõu.[6]
2001. aastal oli Paldiski endise linnapea Jaan Möldri õele Jaana Möldrile kuuluvas Muraste mõisas tulekahju.[7][8]
