Metsatöll alustas tegevust 1999. aasta 24. veebruaril kolmeliikmelisena (Markus – vokaal, kitarr, Factor – trummid, Andrus – bass) ning toona esitati eepilisi heavy metal'i lugusid mõningate mõjutustega Eesti folkloorist. Samal aastal ilmus ka nende debüütalbum "Terast, mis hangund me hinge".
1999. aasta lõpus ühines ansambliga Lauri Õunapuu ehk Varulven, kes seni oli aeg-ajalt ansambliga koostööd teinud ja nende tegemisi jälginud. Varulven oli iseseisvalt õppinud mitmeid eesti rahvapille ning koos teiste bändiliikmetega leiti, et metal ja Eesti folkmuusika sobivad ideaalselt kokku. Nii ongi Metsatöllu muusika üha enam läbi põimunud Eesti regilaulust ja rahvaviisidest.
2001. aastal lahkus senine bassimängija Andrus, kes leidis, et ansambliga kaasnev koormus oli liiga suur ning otsustas selle asemel hakata tegelema sooloprojektidega. Paar kuud hiljem leiti uus bassimängija – Raivo Piirsalu ehk KuriRaivo.
2002. aastal avaldas Metsatöll singli "Hundi loomine" ning sellele tehti ka video (režissöör Liina Paakspuu). "Hundi loomine" leidis erakordselt positiivset vastukaja kohalikus meedias ning palju hakati rääkima eestlusest, inglise keele mõjudest ja folkloorist.
2004. aasta algul pühendus senine trummar Factor teadusele ja ansamblis tuli tema asemele Atso. Sama aasta lõpus ilmus album "Hiiekoda", mille võtsid positiivselt vastu nii metal-muusikat kuulavad inimesed kui ka teised.
Ansambel Metsatöll Varbuse Muusikamõisas 2016. aastal
2005. aastal andis Metsatöll välja uuenduse albumist "Terast, mis hangund me hinge" pealkirjaga "Terast, mis hangund me hinge 10218". Seekordsel albumil kasutati tunduvalt rohkem rahvapille ning see tehti ka professionaalsemal tasemel.
2008. aastal sõlmis Metsatöll lepingu Soome plaadifirmaga Spinefarm Records. Samal aastal ilmus bändi neljas album "Iivakivi".
2010. aastal ilmus viies album "Äio", mis oli esimene Spinefarms Recordsi kaubamärgi alt tulnud Metsatöllu üllitis. Lood salvestati koos Eesti Rahvusmeeskooriga (RAM).
