Maximilian I asus Baieri hertsogkonna troonile 1597. aastal. Kümne jõulise valitsemisaastaga saavutas ta rahandus- ja õigussüsteem uuendamise, riigiteenistujate klassi ja rahvusmiilitsa asutamise ning mitme väikese piirkonna toomise hertsogi võimu alla. Tulemuseks oli ühtsus ja kord hertsogkonnas, mis võimaldas Maximilianil Kolmekümneaastases sõjas tähtsat osa mängida. Oberpfalzi taastamine tegi Baieri kompaktseks.
Maximilian oli Katoliikliku Liiga juht 1609–1616 ja jäi selle tegelikuks liidriks ka edaspidi. Tänu oma kuurvürsti tiitlile oli Baieri kuurvürst kuurvürstide nõukogu liige riigipäeval, samuti Saksa-Rooma riigi peariigihoidja. Kuurvürsti hääle omandamine tegi hertsogkonnast mõjuka ja hertsogkond võis mängida osa Euroopa poliitikas.
Aastal 1623 pandi Friedrich riigivande alla. Friedrich V territooriumid ja tema seisund kuurvürstina anti üle Wittelsbachide kaugele sugulasele Baieri hertsog Maximilian I-le. Kuigi tehniliselt Pfalzi kuurvürst, oli ta tuntud kui Baieri kuurvürst. Aastast 1648 valitses ta vaid Baieris ja Ülem-Pfalzis, kuid säilitas kõik oma kuurvürsti tiitlid ja vanemluse Pfalzi kuurvürstkonnas.
Sõja lõpuaastail kannatas Baieri, eriti põhjaosa, tugevalt. Aastal 1632 tungisid maale rootslased ja kui Maximilian rikkus aastal 1647 Ulmi rahu, laastasid prantslased ja rootslased maa. Pärast selle hävitustöö mõningast parandamist suri kuurvürst Ingolstadtis septembris 1651, jättes oma hertsogkonna maha palju tugevamana, kui ta selle sai. Baieri troonil järgnes Maximilianile tema poeg Ferdinand Maria.
