Mark Webberi isa Alan oli mootorrataste müüja. Ka Mark hakkas juba pisikesena mootorispordi vastu huvi näitama.
Algul sõitis Mark mootorrattal, alates 1991. aastast, kui ta oli 14-aastane, kardiga. 1993 tuli ta selles Uus-Lõuna-Walesi osariigi meistriks.
1994 osales Webber Austraalia Vormel Ford sarjas. 16 etapist kogus ta 30 punkti, mis andsid 13. koha. Ta ei võitnud ühtki etappi ega kvalifikatsiooni.
1995. aasta läks Webberil samas sarjas juba paremini. Ta võitis 16 etapist 3 kvalifikatsiooni ja 3 etappi, mis andsid 158 punktiga 4. koha. Samal aastal osales ta Austraalia meistrivõistluste 2 viimasel etapil (üldse toimus 6 etappi) ja tuli mõlemal teiseks. Kõik etapid võitis ja tuli täisedu 120 punktiga Austraalia meistriks Webberi meeskonnakaaslane Paul Stokell, Webber jagas 32 punktiga 7. kohta. Hooaja lõpus peetud ühesõidulisel Vormel Fordi festivalil oli ta 3.
1996 sõitis Webber Austraalia meistrivõistluste kahel esimesel etapil. Stokell tuli jälle meistriks. Tema meeskonnakaaslane Webber katkestas avaetapi, kuid võitis teise, mille Stokell katkestas. Kogutud 20 punkti andsid Webberile 10. koha (etappide arvu oli suurendatud 8-le).
Webber ei sõitnud meistrivõistlusi lõpuni, sest suundus selle asemel Euroopasse. Ta sõitis kaasa Suurbritannia Vormel Ford sarja, kus tuli 113 punktiga oma meeskonnakaaslase taanlase Kristian Kolby järel teiseks, võites 4 etappi. Ta osales ka Euroopa Vormel Fordi meistrivõistluste 3 etapist kahel, millest ühe ta võitis ja oli kokkuvõttes kolmas. Nagu eelmisel aastal, osales ta Vormel Fordi festivalil, mille ta seekord võitis.
1997 sõitis Webber Suurbritannia Vormel 3 sarjas. 16 etapist võitis ta 3 kvalifikatsiooni ja 1 etapi, tuli 5 korda esikolmikusse, sõitis 1 kiireima ringi ja oli kokku 127 punktiga 4. Samal aastal Zandvoortis peetud Vormel 3 meistrite sõidul lõpetas Webber 3. kohaga, näiteks Nick Heidfeld oli 7.
1998 osales Webber FIA GT meistrivõistlustel. Ta võitis 10 etapist pooled ja tuli koos endise Vormel 1 piloodi Bernd Schneideriga ülikindlaks meeskondlikuks võitjaks: nad kogusid kahe peale rohkem punkte kui kõik ülejäänud meeskonnad kokku. Ta osales ka Le Mansi 24 tunni sõidul, ent tema meeskond katkestas võistluse esimesel kümnendikul.
2000 osales Webber Vormel 3000 maailmameistrivõistlustel. Tema meeskonnakaaslane Christijan Albers ei suutnud punkte saada. Webber alustas 3. koha ja võiduga, aga edasi nii hästi ei läinud. Siiski suutis ta 21 punktiga säilitada 3. koha Fernando Alonso ees. Hilisematest Vormel 1 sõitjatest oli Sébastien Bourdais 9., Franck Montagny 15. ja Enrique Bernoldi 16. Meeskondlikult oli ta 3.
2001 jätkas Webber Vormel 3000 sarjas. 12 etapist võitis ta 2 kvalifikatsiooni ja 3 etappi, sõitis 3 korda kiireima ringi ja ehkki ta 4 viimast etappi katkestas, andis see napilt (võrdsete punktide korral) teise koha sarjas Tomáš Enge ees. Võitis Justin Wilson, kes 9 korda tuli esimese kahe sekka. Hilisematest Vormel 1 sõitjatest oli Sébastien Bourdais neljas, Antônio Pizzonia 6., Giorgio Pantano 9. ja Patrick Friesacher 13. Meeskondlikult oli Webber 42 punktiga 3. (Wilson ja Enge võitsid).
2002. aastaks pääses Webber Vormel 1 sarja Minardi meeskonda Fernando Alonso asemele, kes oli läinud Renault' testsõitjaks. Webberi meeskonnakaaslane oli Alex Yoong. Kohe avasõidul oma kodumaal Austraalia Grand Prix'l saavutas Webber 5. koha ja teenis 2 punkti – sama palju kui Minardi oli saanud kõigil hooaegadel kokku alates 1995. aastast. Yoong oli 7. ehk esimesena punktidest ilma. Rohkem punkte Minardi siiski ei saanud. Sellega teenis Minardi veel 11 meeskonna seas 9. koha. Individuaalselt oli Webber 16.
2003–2004: Jaguar
Webberi kiiver (2003)
2003. aastal sõitis Webber Jaguaris. Jaguar vajas kaht sõitjat, sest Eddie Irvine oli spordist loobunud ja Pedro de la Rosaga lepingut ei jätkatud, kuna ta polnud eelmisel hooajal ühtki punkti saanud. Uuteks sõitjateks said Webber ja Antônio Pizzonia. Esimesed kaks etappi katkestasid mõlemad, edaspidi asi paranes. Webber sõitis 7 korda punktidele, esikolmikusse küll ei saanud, aga teenis 17 punktiga 10. koha. Pizzonia ei saanud kordagi punkte ja 5 etappi enne lõppu asendati ta Justin Wilsoniga. Wilson sai ka eelviimasel etapil punkti. Meeskondlikult oli Jaguar 18 punktiga 7. Paremat kohta polnud Jaguar iialgi saanud ja nii palju punkte polnud tal ka varem olnud.
2004. aastal sõitis Webberi kõrval Jaguaris Christian Klien. Rahaliste raskuste pärast ei saanud Jaguar Wilsonile palka maksta, Klien seevastu maksis sõitmise õiguse eest peale. Hooajal oli Webber 7 punktiga 13., Klien 3 punktiga 16. ja Jaguar 10 punktiga 7.
Jaguari meeskond kuulus Fordile, kes otsustas, et ei saa meeskonna rahastamisest piisavat kasu: see ei kandnud isegi Fordi nime ja punkte ka palju ei tulnud. Meeskond müüdi energiajooke tootvale Austria ettevõttele Red Bull ja moodustati uus meeskond Red Bull Racing.
Juba 2005. aasta teisel etapil Malaisia Grand Prix'l tuli Heidfeld kolmandaks ja edaspidi veel kaks korda teiseks. Monaco Grand Prix'l saavutas ka Webber Heidfeldi järel oma elu esimese poodiumikoha Vormel 1 sarjas. See jäigi tema ainsaks. Siiski sõitis Webber nii paljyu punktikohtadele, et tuli hooaja kokkuvõttes 36 punktiga 10., aga Heidfeld 28 punktiga 11. Hooaja lõpus sai Heidfeld treeningul vigastada ja viimasel 5 etapil sõitis tema asemel Pizzonia, kes tuli 2 punktiga 22. kohale. Siiski oli Williams meeskondlikult 66 punktiga 5. ja viimati oli ta halvema koha saanud 1988. aastal. Selle tulemusena ei pikendatud Heidfeldi ega Pizzoniaga lepingut. Teiseks sõitjaks sai Rosberg, kolmandaks Alexander Wurz, testsõitjaks Narain Karthikeyan.
2006. aasta hooaeg oli Williamsile õnnetu. Hooaja avaetapil Bahreini Grand Prix'l tuli Webber 6. ja Rosberg 7. kohale, aga see jäigi hooaja edukaimaks. Kokkuvõttes oli Webber 7 punktiga 14. ja Rosberg 4 punktiga 17. Meeskondlikult oli Williams 11 punktiga 8., mis oli kõigi aegade halvim tulemus. Ka debüüthooajal 1978 saadi 11 punkti, kuid ainult üht sõitjat kasutades ja sealt tuli ka üks teine koht etapil.
Webberiga lepingut ei pikendatud. Järgmisel hooajal sõitsid Williamsis Rosberg ja Wurz, aga sellest ajast pole Williams tippmeeskondade seas olnud.
2007. aastaks sai Webber lepingu Red Bull Racinguga. Ta asendas Christian Klieni, kes oli eelmisel hooajal kogunud kõigest 2 punkti. Webberi meeskonnakaaslane oli David Coulthard.
Ehkki Webber sai 16 etapilt 9-l parema tulemuse kui Coulthard, punktides see ei kajastunud. Coulthard kogus 14 punkti nagu eelmiselgi hooajal ja oli 10., Webber oli 10 punktiga 12. (Rosberg oli 9. ja Wurz 11.) Kuid Euroopa Grand Prix'l Nürnburgringil saavutas Webber Red Bulli selle aasta ainsa poodiumikoha. Meeskondlikult oli Red Bull 11 meeskonna seas 5. See oli Red Bulli läbi aegade kõrgeim koht ja mõlema sõitjaga pikendati lepingut.
2008. aastal oli Webber Coulthardist selgelt parem, kaotades talle ainult 3 etapil. Ta oli 21 punktiga 11. Coulthard sõitis välja Red Bulli ainsa poodiumikoha, aga jäi 8 punktiga 16. kohale. Meeskondlikult oli Red Bull 29 punktiga 7. Red Bull kaotas ka oma duubelmeeskonnale Toro Rossole, kelle liider Sebastian Vettel oli 35 punktiga 8. ja oli võitnud etapigi. Hooaja lõpul teatas Coulthard oma loobumisest spordist ja Vettel edutati Red Bulli.
2009. aasta avaetapp oli Red Bullile pettumuseks: Webber oli 12. ja Vettel 13. Kuid teiselt etapilt Malaisiast tõi Webber juba 6. koha punktid. Kolmas etapp, Hiina Grand Prix lõppes aga hiilgavalt: Vettel võitis nii kvalifikatsiooni kui etapi, Webber oli teine. Kaksikvõit saadi ka 8. etapil Suurbritannia Grand Prix'l. 9. etapil Saksa Grand Prix' saabus ka Webberi tähetund: ta võitis kvalifikatsiooni ja kogu etapi. Tema esimene võit tuli 130. katsel ja ükski vormelipiloot pole esimese võiduni nii kaua pidanud ootama. Järgmisel etapil Ungari Grand Prix'l sõitis Webber kiireima ringi. See toimus 131. katsel ja on samuti vormelimaailma rekord. Kiireima ringi sõitis Webber ka 15. ja 16. ehk Jaapani ja Brasiilia Grand Prix'l, Brasiilias võitis ta ka etapi. Vettel ja Webber lõpetasid hooaja kaksikvõiduga Abu Dhabi Grand Prix'l.
Hooaja kokkuvõttes oli Vettel 84 punktiga teine (maailmameistriks tulnud Jenson Button kogus 95 punkti) ja Webber 69,5 punktiga neljas (vahepeal oli Rubens Barrichello 77 punktiga). Meeskondlikult oli Red Bull 153,5 punktiga Brawn GP (Button ja Barrichello) järel teine.
2010. aastal sõidavad Webber ja Vettel taas Red Bullis. Nagu eelmisel, nii ka 2010. aastal saavutasid Vettel ja Webber hooaja kolmandal etapil Malaisias kaksikvõidu.
