Märtsis 1938 pidas ta läbirääkimisi nii Viinis kui ka Berliinis, et välja selgitada Liechtensteini tulevik pärast Austria okupeerimist natsionaalsotsialistliku Saksamaa poolt. Hitlerilt sai ta kinnituse, et kääbusriik ei paku Saksamaale mingit huvi ja selle liitmist Saksamaaga ei kavandata.
Alates 30. märtsist1938 juhtis ta koalitsioonivalitsust, kuhu kuulusid nii Progressiivne Kodanikepartei kui ka Isamaaline Liit. Hoopi ajal alguse saanud süsteem, kus valitsuses oli alati esindatud nii valimised võitnud kui ka kaotanud partei, toimis aastani 1997.
Tema valitsus ei teinud kaua aega takistusi juudi päritolu emigrantidele, kes põgenesid Austriast Liechtensteini. Alles Šveitsi valitsuse poliitiline surve sundis ka Hoopi valitsust 1. detsembril 1938 juutide sissesõidu Liechtensteini keelustama.
9. novembril1944 pikendas Maapäev tema volitusi peaministrina veel kuueks aastaks. Järgmise aasta 3. septembril astus Hoopi valitsus siiski ametist tagasi ja uueks valitsusjuhiks nimetati tema erakonnakaaslane Alexander Frick.
Hiljem oli Josef Hoop Liechtensteini saadik Austrias ja aastatel 1958–1959 Liechtensteini Maapäeva president. Ta kandis vürstliku õigusnõuniku (Fürstlicher Justizrat) tiitlit.
Tema nime kannab üks tema sünnilinna Escheni tänavatest (Dr. Josef Hoop Strasse).
