Temalt ilmus publikatsioone meeleelundite füsioloogia, onkoloogia, selgroogsete embrüoloogia, protozooloogia, füsioloogilise keemia (biokeemia) jm vallas.[1]
Mitmete tol ajal levinud elundkondade kirjeldustele ja/või nende osadele olid tal oma eelkäijate ja omaenda vaatlustele ja katsetele tuginedes omad seletused, nii ei lugenud ta kopsuvereringet "tõeliseks tsirkulatsiooniks", kuna see ei ulatu tsirkulatsiooni alguskohta südames – paremasse südamevatsakesse.[2]
1853 sai ta ordeni "Bayerischer Maximiliansorden für Wissenschaft und Kunst" ('Maximiliani orden teaduse ja kunsti alal')
1854 sai ta Copley medali ja auhinna Prix Cuvier.
Eraelulist
1827. aasta aprillis abiellus Nanny Zeilleriga, hiljem sündisid tütar Maria ja poeg Max.
Mülleri tervislikku seisundit võisid mõjutada aastaid kestnud unetus ja tihedate loomeperioodide vaheldumine madalseisuperioodidega, kus ta ei olnud kuude kaupa töövõimeline – esimene depressiooniperiood sai alguse 1827 aasta suvel.[6]
