Johann Albrecht II (5. mai 1590 – 23. aprill 1636) oli Mecklenburgi hertsog. Aastatel 1608–1611 oli ta Mecklenburg-Schwerini nimeline valitseja; tegelik valitseja oli regent, tema vanaonu Karl I. Aastatel 1611–1621 valitsesid Johann Albrecht ja tema vend Adolf Friedrich I kogu Mecklenburgi hertsogkonda üheskoos. 1621. aastast alates valitses Johann Albrecht Mecklenburg-Güstrowit üksi.
Johann Albrecht oli hertsog Johann VII ja tema naise Sophia poeg.
Ta valitses 16. aprillist 1608 oma vanaonu hertsog Karl I eestkoste all koos oma venna Adolf Friedrich I-ga riigi Mecklenburg-Schwerini osa. Pärast Karli surma kuulutas keiser Adolf Friedrichi täisealiseks ja too valitses üksi kuni Johann Albrechti täisikka jõudmiseni, seejärel valitsesid nad koos.
1617. aastal pöördus ta protestantismi. Mecklenburgi jaotamisega 1621. aastal sai Johann Albrecht Mecklenburg-Güstrowi.
1623. aastal ühinesid mõlemad vennad Alam-Saksi seisuste kaitseliiduga. Nad üritasid kolmekümneaastase sõja ajal neutraalsena näida, kuid toetasid salaja Taani kuninga Christian IV vägesid. Pärast seda, kui keisriväed Lutteri lahingu võitsid, kohtles Tilly neid vaenlastena. 19. jaanuaril 1628 andis keiser Ferdinand II Brandýsi lossis välja dekreedi, millega kuulutati, et vennad on kaotanud oma lääni ja Mecklenburg antakse Wallensteinile. 1628. aasta mais lahkusid vennad Wallensteini nõudel hertsogkonnast. 1631. aasta mais kukutasid Rootsi väed Wallensteini ja vennad tulid tagasi.
Johann Albrecht II suri 1636. aastal ja maeti Güstrowi toomkirikusse.
Johann Albrecht II oli kolm korda abielus.
(I) 9. oktoobril 1608 abiellus ta Mecklenburgi hertsog Christophi tütre Margarete Elisabethiga. Nad said järgmised lapsed:
(II) 26. märtsil 1618 abiellus ta Hessen-Kasseli maakrahvi Moritza tütre Elisabethiga. See abielu jäi lastetuks.
(III) 7. mail 1626 abiellus ta Anhalt-Bernburgi vürsti Christian I tütre Eleonore Mariega. Nad said järgmised lapsed: