Hypatia elu kohta on vähe teada. Ta sündis matemaatiku Theoni peres[1]. Theon oli Aleksandria kooli õpetaja, kes oletatavasti õpetas ka oma tütart. Ei välistata ka, et Hypatiat õpetas hoopis Plutarchos Noorem. Hiljem oli Hypatia Aleksandria kooli Museioni juhataja[1].
Hypatia mõrvasid ristiusu fanaatikud[1]. Saksa kirjanikud Soldan ja Heppe on väitnud, et Hypatia oli kristlaste nõiajahi esimene ohver.[viide?]
Pärast tema surma hääbus Aleksandria matemaatikakoolkond[1].
Hypatia tööd on meie jõudnud Küreene piiskopi Synesiose säilinud kirjadest. Paljud temale omistatavatest töödest on tõenäoliselt isaga kahasse kirjutatud. Synesios nimetas teda astrolaabi leiutajaks, aga astrolaab leiutati vähemalt sajand varem ja juba Theon oli saanud kuulsaks oma teostega astrolaabi kohta.[viide?]