Fjodor oli Ivan Julma soosiku Maljuta Skuratovi tütre Maria ja Boriss Godunovi poeg. Isa andis talle oma-aja parima hariduse, valmistades poega ette haritud valitsejaks. Paistab, et Fjodori vaimsed võimed olid suured, sest ta koostas (või tehti seda tema juhtimisel) Venemaa esimese algupärase kaardi, mis on säilinud tänaseni.
Fjodor Godunovi Venemaa kaart. Hessel Gerritszi väljaanne. Amsterdam, 1614
1605. aasta 13. aprillil suri Boriss Godunov ootamatult, kui parajasti käis sõda Moskva peale liikuvate Vale-Dmitri väesalkadega, ja nii sai vaevalt 16-aastane Fjodor tsaariks. Ehkki ta oli andekas ja füüsiliselt väga tugev, polnud Fjodoril oma isa autoriteeti ega võimalusi, et bojaare vaos hoida. Üldine rahulolematus, mida oli tuntud Borissi vastu, pöördus nüüd poja vastu. Olukorraga toime tulemiseks toetus Fjodor Pjotr Basmanovile, kes keelitas oma väesalku Fjodorile truudust vanduma, ise aga haudus salaplaani tema vastu. Samal ajal marssis Vale-Dmitri oma vägedega Moskva peale ning nõudis Godunovide kukutamist. Rühm bojaare haaraski 10. juunil kremlis võimu ja kukutas tsaari. Varsti pärast seda nii Fjodor kui ta ema kägistati. Hiljem väideti, et nad olid enesetapu teinud, ehkki surnukehadel olid selged vägivalla märgid. Fjodoriga lõppes ka kõigest seitse aastat kestnud Godunovide dünastia valitsemisaeg Venemaa troonil.
