Erich Honeckeri tagasiastumise järel oli Egon Krenz 18. oktoobrist1989 kuni 3. detsembrini 1989 Saksamaa Sotsialistliku Ühtsuspartei Keskkomitee peasekretär.[5] Lisaks sellele oli ta alates 24. oktoobrist 1989 Saksa DV Riiginõukogu esimees. 3. detsembril 1989 astus Krenz koos kogu poliitbürooga parteilistest ametitest tagasi. 6. detsembril 1989 lahkus ta Riiginõukogu esimehe kohal. Jaanuaris 1990 loobus ta Rahvakoja liikme mandaadist ning ta heideti välja Saksamaa Sotsialistlikust Ühtsusparteist. Aprillis 1990 avaldas Krenz mälestusteraamatu "Wenn Mauern fallen" ("Kui müürid langevad").[6]
Alates 1991. aastast kuulasid ametivõimud teda korduvalt üle seoses mitmete kohtuprotsessidega. 1992. aastal oli ta kahtlustatav seoses valimistulemuste võltsimisega Saksa DV-s. Juulis 1993 esitati talle süüdistus seoses Saksa DV piiri ületada püüdnud inimeste tapmisega. Augustis 1997 mõistis Berliini Maakohus Krenzi nelja tapmisjuhtumi eest kuueks aastaks ja kuueks kuuks vangi. Septembris 1997 ta siiski vabanes vanglast. Novembris 1997 esitati talle taas süüdistus Saksa DV valimiste võltsimises. Novembris 1999 kinnitas Saksamaa Liidukohus Berliini Maakohtu 1997. aasta otsuse. 24. jaanuaril2000 paigutati Krenz Berlin-Plötzensee vanglasse. Ta vabanes vanglast ennetähtaegselt 18. detsembril2003.[4]