Seejärel töötas ta arstina Saksamaal, alates 1802. aastast Prantsusmaal, kus ta veetis oma ülejäänud elu. Sestpeale, kui ta pühendus loodusteadusele, ei olnud ta enam üheski ametis ning elas väga vaeselt. Pärast seda, kui ta nõustus oma herbaariumi riigile pärandama, õnnestus tal saada elatumiseks piisav toetus.
Persoon avaldas esimesed loodusteaduslikud kirjutised 1790. aastate alguses. Aastatel 1805–1807 ilmus tema teos "Synopsis plantarum", kus ta kirjeldas umbes 20 000 taimeliiki. Teedrajav oli aga tema töö seente süstematiseerimisel, mis sai alguse 1801. aastal ilmunud teosega "Synopsis methodica fungorum".
Christiaan Hendrik Persooni kirjeldatud taksonitele lisatakse autorilühend Pers..
