Bolzano postuumselt ilmunud raamatut "Paradoxien des Unendlichen" ("Lõpmatuse paradoksid") imetlesid paljud hilisemad silmapaistvad loogikud, nende seas Charles Sanders Peirce, Georg Cantor ja Richard Dedekind. Tema tuntuim töö on siiski 1837. aastal ilmunud "Wissenschaftslehre" ("Teadusõpetus"), neljaköiteline teos, mis käsitles mitte üksnes teadusfilosoofiat, vaid ka loogikat, epistemoloogiat ja teaduspedagoogikat. Selles töös arendatud loogikateooriat peetakse tänapäeval teedrajavaks. Tema teiste kirjutiste hulka kuuluvad neljaköiteline "Lehrbuch der Religionswissenschaft" ("Religiooniteaduse õpperaamat") ja metafüüsikaalane "Athanasia", mis kaitseb hinge surematust. Samuti on Bolzanol väärtuslikke kirjatöid matemaatikas, mis jäid praktiliselt tundmatuks, kuni Otto Stolz avastas paljud ta kaotsiläinud artiklid ja avaldas need 1881. aastal.
