1990. aastate lõpus lõpetati jaamast piletimüük.[3]
2015. aastaks rakendati Tapa-Narva raudteelõigul dispetšertsentralisatsioon, millega seoses viidi ka Auvere jaam üle kaugjuhtimisele (st, et jaamas ei viibi enam alalist jaamakorraldajat).
Jaamahoone
Jaamahoone ehitati tüüpprojekti järgi ning see sarnanes Kehra, Kohtla ja Lehtse jaamahoonetega. Ühekorruselise madala poolkelpkatusega kiviehitise sümmeetrilist põhiplaani liigendas üldootesaali laiuses kõrgemas eraldi katustatud keskosas eenduv keskrisaliit, mille tähtsust rõhutasid kolm kõrgendatud fassaadiava. Tumedail klinkertellisfassaadidel pakuvad efektset kontrasti
valgeks lubjatud detailid: laiad nurgaliseenid, kitsad rõhtvööd ja segmentkaaravade silluspiirded.
1980. aastal hoone lammutati, enne seda oli valminud juba ka uus.[4][5]
Nõukogude perioodil rajatud jaamahoone ehitati lihtsustatud tüüpprojekti järgi sarnaselt Jäneda jaamahoonega. Tänaseks on viimane jaamahoone samuti lammutatud.
8. juulil 2004 toimus Auvere ja Soldina jaamavahel Auvere automaatsignalisatsiooniga ülesõidukohal I astme raudteeõnnetus, kui Moskva-Tallinn reisirongile nr 33-0005 sõitis küljelt otsa Scania tüüpi kütuseveok. Kokkupõrke tagajärjel paiskus vedur TEP70 rööbastelt maha, vajus põiki raudteele ja hakkas lekkima. Samuti jooksid rööbastelt maha kolm reisivagunit, mis jäid aga püsti. Eesti Raudtee infrastruktuuril sai vigastada kokku 510 m rööbasteid, sh 230 m peateid. Vigastada said Auvere jaama kõrvalteed 280 m ulatuses. Purunes üks pöörang ja vigastada sai kaks pöörangut. Suures ulatuses said kannatada ka side- ja turvanguseadmed.
Õnnetuses hukkus veokis olnud kaasreisija, kannatada sai autojuht ning vähesel määral ka vedurijuhi abi. Rongis viibinud inimestest keegi haiglaravi ei vajanud. Õnnetuse mõjul sattus keskkonda kokku umbes 10 tonni põlevkiviõli ja diislikütust.[6]
