Tema varases loomingus on tunda tugevat Šostakovitši mõju. Seejärel katsetas ta aleatoorika ja serialismiga. 1968. aastal kirjutatud II viiulikontsert märgib uue helistiili, nn polüstilismi algust Schnittke loomingus.
Schnittke õpetas aastatel 1961–1972 Moskva Konservatooriumis, kuid sattus siis Nõukogude võimu tagakiusamise alla. Tema I sümfoonia keelati ära ja tal ei lubatud alates 1980. aastast välismaale reisida. Ta sai 1985. aastal insuldi ning langes koomasse. Schnittke oli kliinilises surmas, kuid tervenes ja hakkas uuesti muusikat kirjutama. 1990. aastal kolis ta koos perega Hamburgi. Tema tervis oli siis juba väga halb. Elu lõpuaastatel oli ta peaaegu täiesti halvatud, kuid jätkas kirjutamist.
