2005. aastal liitus ta A-League'i klubiga Central Coast Mariners, kellega võitis kahel korral A-League'i põhihooaja. 2011. aastal mängis ta laenul Hiina kõrgliigaklubis Jiangsu Sainty.
Aastatel 2012–2015 mängis ta Lõuna-Korea kõrgliigaklubis Jeonbuk Hyundai Motors, kellega tuli 2014. ja 2015. aastal Lõuna-Korea meistriks. 2014. aasta hooajal valiti Wilkinson Lõuna-Korea liiga hooaja sümboolsesse koosseisu.
2016. aasta veebruaris naasis Wilkinson A-League'i, liitudes Melbourne Cityga, kus mängis hooaja lõpuni. Seejärel siirdus ta Sydneysse. 2019. aasta juulis määrati Wilkinson pärast seda, kui Alex Brosque karjääri lõpetas, Sydney kapteniks. 2021. aastal valiti Wilkinson Sydney aasta mängijaks.
