La 13.ª edición del Tour de Flandes femenino se celebró el 3 de abril de 2016 sobre un recorrido de 141,2 km con inicio y final en la ciudad de Oudenaarde en Bélgica.
La carrera hizo parte del UCI WorldTour Femenino 2016 como competencia de categoría 1.WWT del calendario ciclístico de máximo nivel mundial siendo la quinta carrera de dicho circuito y fue ganada por la ciclista británica Elizabeth Armitstead del equipo Boels-Dolmans. El podio lo completaron las ciclista sueca Emma Johansson del equipo Wiggle High5 y la ciclista neerlandesa Chantal Blaak del equipo Boels-Dolmans.
Tomaron parte en la carrera un total de 30 equipos invitados por la organización, todos ellos de categoría UCI Team Femenino, quienes conformaron un pelotón de 180 ciclistas de las cuales terminaron 110. Los equipos participantes fueron:
Las clasificaciones finalizaron de la siguiente forma:
El Tour de Flandes femenino otorga puntos para el UCI WorldTour Femenino 2016, incluyendo a todas las corredoras de los equipos en las categorías UCI Team Femenino.[1] Las siguientes tablas muestran el baremo de puntuación y las 10 corredoras que obtuvieron más puntos: