Presenta poquísimos accidentes, a excepción del mencionado río, que corta perpendicularmente el extenso glacis piedemontano, que se prolonga entre las montañas de Benifasar y el mar Mediterráneo. San Rafael del Río ocupa una parte de este glacis entre las cotas de los 300 m de altitud sobre el nivel del mar.
Paralelo al río Cenia y sirviendo de divisoria por el flanco meridional, corre el barranco de la Barbiguera. La fuente del Drapé suministra el agua para la población.
El término municipal ocupa una extensión de 21,24 km². La población está situada sobre la ribera derecha del río Cenia, a 88 km de la capital y a 20 km de Vinaroz, a una latitud 40°36′20″ N y a una longitud de 4°2′0″ E de Madrid, siendo su altitud de 95 metros.
Su origen es próximo en el tiempo, fue el 28 de noviembre de 1927 cuando consiguió erigirse en municipio independiente de Traiguera. El acta correspondiente fue firmada en su momento por el entonces alcalde de San Rafael, Patrici Fonollosa y por los consejeros Manel Balada, Ramón Beltrán Grau y Baptista Cervera Castell y el secretario F. Caudet.
En aquel año contaba con una población de casi 800 personas repartidas en numerosas masías, que se habían ido construyendo al tiempo que se fueron roturando los antiguos terrenos cubiertos de matorral y se plantaron olivos. Hasta mediados del siglo XIX San Rafael no había sido sino una masía más entre tantas, pero con este siglo, la producción de aceite en su término municipal fue incrementándose, hasta conseguir veinte almazaras en plena producción en el momento de su independencia de Traiguera.
En la actualidad se conservan varios molinos antiguos, siendo estos: Canet, Castell, De Roca, Bordales y Molí de l'Om.
Aunque sea una población relativamente reciente, en sus cercanías se han descubierto vestigios de lo que pudo ser alguna posada o villa, construida junto a la antigua calzada romana.
Después, su historia quedaría enmarcada en la de Traiguera, villa construida en 1234 por Jaime I y entregada a la Orden de los Hospitalarios al año siguiente; pasó luego a la de Montesa y así hasta 1927, año en que se dividieron sus jurisdicciones municipales.
Administración
Alcaldes desde las elecciones democráticas de 1979
En la gastronomía tradicional de San Rafael del Río destacan los platos con conejo, el cordero a la brasa, el “tombet”, “rostit de conill”, la perdiz en escabeche, “tords al tombet”, las manos de cerdo, las pelotas dulces, la sanfaina, la “olleta”, los “ternascos”, quesos, embutidos, jamón. En repostería son típicas las cocas de pasas, las borrajas con azúcar o miel, la “mona” de Pascua o los pastisets de “cabell d’àngel”.
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