La prefectura apostólica de Azerbaiyán (en latín: Praefectura Apostolica Azerbaigianiensis y en azerí: Azərbaycan Həvari Prefekti) es una sede episcopal de la Iglesia católica inmediatamente sujeta a la Santa Sede, cuyo territorio abarca Azerbaiyán.
La prefectura apostólica abarca todo el territorio de Azerbaiyán.
La sede de la prefectura está en la ciudad de Bakú, en donde se encuentra la procatedral de la Inmaculada Concepción, la única iglesia católica pública del país, inaugurada en 2007.[1] En la capital también hay dos capillas privadas dentro de las residencias de los salesianos y las Misioneras de la Caridad de la madre Teresa de Calcuta.
La parroquia independiente de Bakú se estableció en 1882 cuando se separó de la parroquia católica georgiana de Tetri-Tsarov.[2] Ya en 1894 se emitió un permiso de construcción para la primera iglesia católica del país, pero debido a la falta de dinero, la construcción comenzó en 1909. La iglesia de estilo neogótico se construyó solo por la caridad de en su mayoría residentes polacos de la ciudad. Sin embargo, como resultado de la campaña antirreligiosa de la Unión Soviética, fue demolida en 1931, y el último sacerdote católico, Stefan Demurov (un georgiano), fue enviado al gulag en 1937, en donde murió un año después.
La misión sui iuris de Bakú fue erigida el 11 de octubre de 2000 separando territorio de la administración apostólica del Cáucaso. Su estatus legal está garantizado por la ley local de la República de Azerbaiyán y tiene un estatus especial gracias al concordato firmado por el papa Juan Pablo II y el presidente Heydar Aliyev.
El 4 de agosto de 2011, en virtud de la bula De iuvandis del papa Benedicto XVI, la misión sui iuris fue elevada a prefectura apostólica y tomó el nombre de prefectura apostólica de Azerbaiyán.[3]
La pequeña comunidad católica azerbaiyana recibió la visita apostólica del papa Juan Pablo II en 2002 y del papa Francisco en 2016.
De acuerdo al Anuario Pontificio 2021 la prefectura apostólica tenía a fines de 2020 un total de 600 fieles bautizados.