El gobierno revolucionario dio al palacio diversos destinos hasta el regreso de la duquesa en 1797. Esta alquiló la planta baja a un negociante llamado Hovyn, que organizaba fiestas y bailes en los salones y en el jardín, pero acabó subastando el edificio cuando decidió emigrar a España. Hovyn lo adquirió pero tuvo que venderlo en 1805 para pagar sus deudas. Lo compró el mariscal Joaquín Murat, quien, al ser nombrado rey de Nápoles en 1808, cedió al Emperador de los francesesNapoleón Bonaparte todas sus propiedades en Francia. En junio de 1815 el palacio fue escenario de la abdicación final de Bonaparte antes de ser desterrado, y con la Restauración borbónica pasó a ser parte de los bienes de la Corona en 1816.
El 10 de diciembre de 1848, el primer Presidente de la República francesa es elegido por sufragio universal masculino: se trata de Luis Napoléon Bonaparte, el «príncipe-presidente», sobrino de Napoleón Bonaparte. La Constitución preveía un mandato presidencial de cuatro años, sin posibilidad de reelección.
A partir de 1850, Luis Napoleón Bonaparte multiplicó sus giras a las provincias con vistas a una posible reelección. Ante la negativa de la Asamblea a modificar la Constitución en ese sentido, preparó minuciosamente un golpe de Estado que llevó a cabo el 2 de diciembre de 1851, tomando militarmente los puntos estratégicos del país. La represión y aniquilación de sus oponentes fue fulminante. Su toma del poder es ratificada por un plebiscito organizado el 21 de diciembre, en el que buena parte del electorado se ve privado de su derecho a votar.[1] La Constitución va a ser modificada, estableciendo un mandato presidencial de diez años, limitando las prerrogativas de la Asamblea Nacional, y concentrando los poderes en manos del ejecutivo.
El 7 de noviembre de 1852, un nuevo plebiscito pone fin a la Segunda República e instaura el Segundo Imperio. Luis Napoleón Bonaparte es proclamado como «Napoleón III, Emperador de los franceses», el 2 de diciembre de 1852, efemérides de la coronación de Napoleón I y de la batalla de Austerlitz.
Tras la guerra franco-prusiana y la caída del Imperio en 1870, el nuevo gobierno de la Tercera República dispuso que el Palacio del Elíseo fuera residencia oficial del presidente de Francia.
Desde 1871
El Elíseo se mantuvo como residencia oficial de los presidentes de Francia hasta junio de 1940, cuando fue cerrado y abandonado cuando las tropas de la Alemania nazitomaron París en los últimos días de la Batalla de Francia. Tras el fin de la Segunda Guerra Mundial en Europa, volvió a ser residencia presidencial en 1946 y lo sigue siendo en el siglo XXI.
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