En colaboración con Pierre Pena, publicó Stirpium adversaria nova en [1571], y en [1576, Plantarum seu stirpium historia, que fue traducido al flamenco, en 1581, con el título de Kruydboeck.
En su Stirpium, l'Obel describió 1.500 especies de manera precisa, indicando las localidades donde esas especies fueron recolectadas; era la flora existente en los alrededores de Montpellier y describe también plantas de Tirol, de Suiza y de Holanda. A esta obra le acompañaban 268 grabados en madera tallada.
Su segunda obra Plantarum seu stirpium historia fue más que una simple adaptación de la primera: contenía un índice en siete idiomas y más de 2.000 ilustraciones (la mayoría procedentes de obras de Clusius, de R. Dodoens y Pierandrea Mattioli). De l'Obel se la dedicó a la reina Isabel I de Inglaterra. Fue impresa por Christophe Plantin y tuvo un gran éxito. En ella se atisba el principio de una clasificación más correcta que en autores precedentes; reunió con precisión las rosáceas, gramíneas y cereales y, en otro grupo, las leguminosas y el género oxalis, por sus foliolos subdivididos en tres. Se le atribuye el primer intento de clasificar las plantas según sus afinidades naturales, en lugar de sus usos médicos.
Plantarum seu Stirpium Historia. Cui annexum est adversariorum volumen. Amberes, Plantin 1576. El editor Plantin compró el stock de Stirpium Adversaria Nova publicado en Londres por Purfoot en 1570-1571, cambia la página de título, incluye un índice, el apéndice de Lobel, le Formulae Remediorum de Rondelet, y lo pone a la venta seguido de la obra de Lobel.
Icones stirpium, seu plantarum tam exoticarum, quam indigenarum, in gratiam rei herbariae studiosorum in duas partes digestae. Cum septem linguarum indicibus, ad diversarum nationum usum. Amberes, Ex officina Plantiana, 1591. Retirada, con nuevo título, de "Plantarum, seu stirpium icones. Plantin, 1581"
