Marlon de Jesús comenzó en las divisiones juveniles de El Nacional, debutando como profesional en el mismo club en el 2007, año del primer gol en su carrera profesional. Para el 2009, teniendo 17 años, es contratado por River Plate de Argentina. Posteriormente fue al Grêmio de Brasil donde destaca con las divisiones formativas.[1] En el 2010 retorna a El Nacional.
El año siguiente es traspasado al Deportivo Quito club con el que destaca en la primera semestre del 2011.
Para la temporada 2012, es contratado en Emelec, club con el que tiene una destacada actuación en el Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2012, anotando goles importantes en el torneo local y en la Copa Sudamericana 2012. Para el 2013 con Emelec juega la Copa Libertadores, la Copa Sudamericana y la Copa Pilsener anotando un total de 12 goles, y siendo figura importante para que el cuadro "eléctrico" se clasifique para jugar la final del torneo local, al terminar ganando la primera etapa del Campeonato Ecuatoriano de Fútbol 2013, después él tiene crédito de campeón con el Emelec en el 2013. Desde Monterrey celebró el campeonato conseguido en ese 2013 con el Emelec.
Para el segundo semestre del año 2013 firma con el Monterrey.[3]
A mediados de la temporada 2016 ficha por el Arouca de Portugal.[5] donde anotó un gol
Para el año actual 2017, el Club Sport Emelec adquirió sus derechos federativos, así confirmando su vuelta al club. Actualmente lleva muy buenos partidos dando notar de que ya es un jugador más maduro y tiene ganas de volver a triunfar en el Emelec.
En 2023 fue anunciado en Unión Comercio de Perú.[9] Logró salvar del descenso al club en la última fecha del torneo. Fue el máximo goleador del equipo con 13 goles.
En el 2024 seguiría renovaría por Unión Comercio, club con el que descendería a final de temporada. Fue el goleador del plantel con 8 goles.
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