Dirigió con prudencia y sabiduría en los Países Bajos, actuando como intermediaria de su padre. Negoció un tratado con Inglaterra, en el que se favorecía el comercio de telas flamencas. También participó en la Liga de Cambrai (1508). En este año tiene que ceder a Juana de Hochberg, los señoríos de Château-Chinon y Noyers-sur-Serein. En 1512 los franceses ocuparían dos villas más de sus señoríos, Chaussin y Laperrière-sur-Saône confirmando su pérdida en el Tratado de Noyon.[1]
Después de 1515, Carlos V se rebeló brevemente contra su influencia, aunque prontamente la reconoció como una consejera sabia y razonable, restituyéndola en su puesto en 1519, intermitentemente, hasta su muerte. Ella negoció junto a Luisa de Saboya la llamada Paz de las Damas en 1529.
Margarita vivió diez años en Francia, donde recibió primero el título de delfina y luego, en la corte francesa y crónicas contemporáneas, de reina de Francia, aunque nunca se casó con Carlos VIII. En 1493, Carlos VIII renunció al Tratado de Arrás firmando el Tratado de Senlis y se casó con otra heredera, Ana de Bretaña, volviendo Margarita con su padre.
En 1497, Margarita desposó al príncipe Juan de Aragón y Castilla (1478-1497), único hijo varón y heredero de los Reyes Católicos. Su esposo murió seis meses después, dejando a Margarita embarazada. Sumida en una profunda tristeza, dio a luz prematuramente una niña que no sobrevivió al parto.[2] En 1501, se volvió a casar con Filiberto II, duque de Saboya (1480-1504), del que no tuvo hijos y que murió tres años más tarde. A pesar de que se pensó en otras posibles uniones para Margarita (tales como Enrique VII de Inglaterra, viudo de Isabel de York), ella se negó a casarse de nuevo.
Margarita de Austria murió en Malinas, después de declarar heredero único y universal a su sobrino Carlos V y I de España. Está enterrada en el monasterio de Brou en Bourg-en-Bresse, que entonces era parte de Saboya.
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