En 1750portugaloj alvenis kaj deklaris tiun regionon sia hejmo. Itajaí estis fondita en 1860, sed la koloniigo komenciĝis jam en 1658. En la 19-a jarcento komence portugaloj, poste ankaŭ germanoj kaj italoj alvenis. En 2008 proksimume 100 homoj pereis en inundo. 90% de la grandurbo estis subakvaj kaj la haveno estis parte detruita.
La klimato en Itajaí estas humida en vintro kaj seka en somero. En somertemperaturoj la temperaturo povas atingi eĉ 40 °C kaj dum vintre ĝi falas al 5 °C. Jare pluvas po
1596 mm, en ĉiuj monatoj pluvas, sed inter junio-aŭgusto malpli ofte pluvas.
