Liaj unuaj dek ses jaroj estis dediĉitaj por solvado de konfliktoj internaj kaj reorganizante la reĝlandon. En 1054, la landlimaj disputoj kun lia frato Garcia la 3-a de Pamplono iĝis malferma milito. La leonaj trupoj mortigis la navaran reĝon en la batalo de Atapuerca.
Fernando entreprenis energian aktivadon en la Reconquista, prenante lokojn de Lamego (1057), Viseu (1058) kaj Koimbro (1064), krom submeti plurajn el la tajfoj al la pagado de impostado al la leona reĝlando.
Tradicie oni konsideras lin la unua reĝo de Kastilio kaj fondinto de la kastilia monarkio. Tamen, parto de la pli moderna historiografio diras ke Fernando neniam estis reĝo de Kastilio kaj ke la origino de tiu regno estiĝas post lia morto, kun la divido de liaj ŝtatoj inter siaj filoj.