Μετά την αποφοίτησή του, επέστρεψε στη Βαρσοβία, αλλά απειλήθηκε από την τσαρικήμυστική αστυνομία με ισόβια κάθειρξη στη Σιβηρία και αναγκάστηκε να μεταναστεύσει στο Λονδίνο το 1892. Το 1896, του προσφέρθηκε η θέση του βοηθού στο Πανεπιστήμιο του Φριμπούρ στην Ελβετία. Εκεί κατοχύρωσε μια μέθοδο για φτηνή βιομηχανική παραγωγή νιτρικού οξέος.
Ως πρόεδρος, ο Μοστσίτσκι ήταν δουλικός στον Πιουσούτσκι και ποτέ δεν έδειξε ανοιχτά διαφωνία από οποιαδήποτε πτυχή της ηγεσίας του Στρατάρχη. Μετά το θάνατο του Πιουσούτσκι το 1935, οι οπαδοί του χωρίστηκαν σε τρεις κύριες φατρίες: εκείνους που υποστήριζαν τον Μοστσίτσκι ως διάδοχο του Πιουσούτσκι, εκείνους που υποστήριζαν τον Στρατηγό Έντβαρντ Ριντζ-Σμίγκουι και εκείνους που υποστήριζαν τον πρωθυπουργό Βαλέρι Σουάβεκ.
Με σκοπό την απομάκρυνση του Σουάβεκ από το παιχνίδι, ο Μοστσίτσκι σύναψε συμφωνία κατανομής ισχύος με τον Ριντζ-Σμίγκουι, το οποίο είδε τον Σουάβεκ να περιθωριοποιήται ως σοβαρός πολιτικός παίκτης μέχρι το τέλος του έτους. Ως αποτέλεσμα της συμφωνίας, ο Ριντζ-Σμίγκουι θα γινόταν ο de facto ηγέτης της Πολωνίας μέχρι το ξέσπασμα του πολέμου και ο Μοστσίτσκι συνέχισε να έχει επιρροή συνεχίζοντας με το αξίωμα του προέδρου.
Ο Μοστσίτσκι ήταν η ηγετική μετριοπαθής προσωπικότητα στο καθεστώς, το οποίο αναφερόταν ως «κυβέρνηση των συνταγματαρχών» λόγω της μεγάλης παρουσίας στρατιωτικών αξιωματικών στην πολωνική κυβέρνηση. Ο Μοστσίτσκι αντιτάχθηκε σε πολλές από τις εθνικιστικές υπερβολές του πιο δεξιού Ριντζ-Σμίγκουι, αλλά το σύμφωνό τους παρέμεινε σχεδόν άθικτο.
Ο Μοστσίτσκι παρέμεινε πρόεδρος μέχρι τον Σεπτέμβριο του 1939, όταν φυλακίστηκε στη Ρουμανία[20] μετά τη γερμανική εισβολή στην Πολωνία και αναγκάστηκε από τη Γαλλία να παραιτηθεί από το αξίωμά του. Μεταβίβασε το αξίωμα στο Στρατηγό Μπολέσουαφ Βιενιάβα-Ντουουγκοσόφσκι, ο οποίος το κατείχε για μόνο μία ημέρα, προτού τον εκτοπίσει ο Στρατηγός Βουαντίσουαφ Σικόρσκι και η γαλλική κυβέρνηση, υπέρ του Βουαντίσουαφ Ρατσκιέβιτς.
Ύστερη ζωή
Ο Μοστσίτσκι σχεδίαζε να φύγει για την Ελβετία μετά την αποχώρηση του από την προεδρία. Από το 1908 έως το 1920, ήταν πολίτης της Ελβετίας, καθώς επίσης και επίτιμος πολίτης της κοινότητας Φριμπούρ. Οι ρουμανικές αρχές έδωσαν την προσωρινή συγκατάθεσή τους για την αναχώρησή του, αλλά η Γερμανία αντιτάχθηκε. Ο Μοστσίτσκι προσφέρθηκε στον Πρόεδρο των ΗΠΑ, Φραγκλίνο Ρούζβελτ, ο οποίος ήταν αποφασισμένος να μεταφέρει τον Μοστσίτσκι στην Ελβετία. Η παρέμβαση της κυβέρνησης των ΗΠΑ ανάγκασε τις ρουμανικές αρχές να συμφωνήσουν. Ο στρατηγός Σικόρσκι διέταξε επίσης την πολωνική πρεσβεία στο Βουκουρέστι να παρέχει κάθε βοήθεια στον Μοστσίτσκι. Ο πρόεδρος παρέμεινε στη Ρουμανία μέχρι τον Δεκέμβριο του 1939.[17]
Ο Μοστσίτσκι πήγε στην Ελβετία μέσω του Μιλάνου, όπου συναντήθηκε με τον Μπολέσουαφ Βιενιάβα-Ντουουγκοσόφσκι. Αρχικά, έζησε στο Φριμπούρ, όπου του επετράπη να συνεχίσει το επιστημονικό του έργο. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, μεταξύ άλλων, έγραψε τις αναμνήσεις του, οι οποίες δημοσιεύθηκαν από το περιοδικό Independence της Νέας Υόρκης. Ο Μοστσίτσκι έκανε δωρεά χρήματα σε στρατιώτες του Πολωνικού Στρατού στη Γαλλία, κατοίκους της Βαρσοβίας σε στρατόπεδα αιχμαλώτων πολέμου, στρατόπεδα εγκλεισμού και στρατόπεδα εργασίας. Για πέντε μήνες, δίδαξε στο Πανεπιστήμιο του Φριμπούρ. Αργότερα, αναγκάστηκε να αναλάβει αμειβόμενη εργασία. Το 1940, μετακόμισε στη Γενεύη, όπου εργάστηκε στο Εργαστήριο Υδρονιτρικής Χημείας.
Η υγεία του Μοστσίτσκι επιδεινώθηκε γρήγορα μετά το 1943. Πέθανε στις 2 Οκτωβρίου 1946, στο Βερσουά, κοντά στη Γενεύη. Το 1984, οι απόγονοί του ζήτησαν τη μεταφορά των λειψάνων του Μοστσίτσκι και της συζύγου του από την Ελβετία στην Πολωνία. Οι αρμόδιες πολωνικές αρχές συμφώνησαν ότι μια κηδεία θα γινόταν στη Βαρσοβία και θα ήταν εντελώς ιδιωτική, χωρίς κρατικές τελετές. Ωστόσο, οι αρχές του καντονίου της Γενεύης στην Ελβετία απέσυραν τη συμφωνία τους για πολιτικούς λόγους μετά από διαμαρτυρίες σχετιζόμενες με την Αλληλεγγύη από μετανάστες. Το 1993, τα λείψανα του Μοστσίτσκι μεταφέρθηκαν, για λογαριασμό του προεδρεύοντος Προέδρου Λεχ Βαλέσα, στην Πολωνία και κατατέθηκαν στην κρύπτη του Καθεδρικού Ναού του Αγίου Ιωάννη της Βαρσοβίας. Ο συμβολικός τάφος του Μοστσίτσκι βρίσκεται στη Λεωφόρο της Δόξας στο κοιμητήριο Ποβόνσκι στη Βαρσοβία, όπου βρίσκεται η δεύτερη σύζυγός του.[17]