Για την περίοδο 2008-09, η Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Ηλείας είναι η διοργανώτρια αρχή, υπεύθυνη για τη διεξαγωγή των καθιερωμένων ποδοσφαιρικών διοργανώσεων, του πρωταθλήματος και του κυπέλλου, στο νομό Ηλείας.
Πρωταθλητής μέσω των PLAY-OFF αναδείχθηκε ο Ξενοφώντας Κρεστένων ο οποίος κέρδισε την άνοδο για την Δ εθνική, ενώ στην κανονική διάρκεια πρώτη είχε τερματίσει η ομάδα της Δόξας Νέας Μανωλάδας.
Η περίοδος 2008-09 ήταν η 40η σεζόν των πρωταθλημάτων της Ε.Π.Σ. Ηλείας.
Η δομή του πρωταθλήματος είναι η εξής:
Στην Α κατηγορία μετείχαν 16 ομάδες.
PLAY-OFF στα play-off συμμετείχαν οι τέσσερις πρώτες ομάδες. Πρωταθλητής Ηλείας αναδείχθηκε ο Ξενοφών Κρεστένων.
Στην Α2 κατηγορία μετείχαν 16 ομάδες
Στην Β κατηγορία μετείχαν 29 ομάδες χωρισμένες σε δυο ομίλους.
ο Πανωλενιακός ξεκίνησε με -2 βαθμούς, η Πρόοδος Σαλμώνης είχε 3 μηδενισμούς -9 βαθμούς και αποβλήθηκε από το πρωτάθλημα, Νέδας Γιαννιτσοχωρίου και Θύελλα Πύργου είχαν ένα μηδενισμό.
η Ελπίδα Βαρθολομιού ξεκίνησε με -2 βαθμούς, ο Μυρσιναϊκός είχε 3 μηδενισμούς και -3 βαθμούς.
Στην Γ κατηγορία μετείχαν 28 ομάδες χωρισμένες σε 2 ομίλους.
ο Κεραυνός Καλλικώμου ξεκίνησε με -6 βαθμούς, ο Α.Ο Νεοχωρίου με -4, Απόλλων Ν. Φιγαλείας-Ωλενιακός είχαν -2 βαθμούς, ο Κένταυρος Λάλα είχε 3 μηδενισμούς και -3 βαθμούς, ο Α.Ο Κουτσοχέρας αποχώρησε από το πρωτάθλημα.
Πήγασος Πρασίνου-Κένταυρος Καπελέτου ξεκίνησαν με -2 βαθμούς, ο Εθνικός Γερακίου είχε 5 μηδενισμούς, η Δόξα Αγίας Μαύρας είχε ένα μηδενισμό, ο Κένταυρος Καπελέτου αποβλήθηκε από το πρωτάθλημα.
Τελικός
08 Απριλίου 2009 Δάφνη Ανδραβίδας - Πανηλειακός 1-0 - δημοτικό γήπεδο Γαστούνης -