Το πρωτάθλημα Α2 κατηγορίας πόλο ανδρών της περιόδου 1998−99 διεξήχθη με τη συμμετοχή 12 ομάδων. Πρωταθλήτρια αναδείχθηκε η ομάδα του Άρη Θεσσαλονίκης που ανέβηκε στην Α1΄ μαζί με τον δευτεραθλητή Παλαιό Φάληρο. Η διοργάνωση του πρωταθλήματος είχε περιπέτειες καθώς διακόπηκε έξι αγωνιστικές πριν από τη λήξη λόγω οικονομικής αδυναμίας της ομοσπονδίας. Συνεχίστηκε έπειτα από πολύμηνη διακοπή και ολοκληρώθηκε τον Αύγουστο.