Στα τέλη του 1930, ο κόσμος της Ραφήνας, οι Τριγλιανοί και υπόλοιποι πρόσφυγες ίδρυσαν διάφορες ανεπίσημες ομάδες μεταξύ των οποίων η Ένωση Τριγλίας, το Βυζάντιο και η Προποντίδα. Οι ομάδες αυτές ενώθηκαν σε μία υπό την επωνυμία «Αθλητική Ένωσις Τρίγλιας Ραφήνας», με χρώματα το κίτρινο και το μαύρο τα κατ' εξοχήν χρώματα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και σήμα το Μπαρμπούνι (το τριγλί).[4] Με την έγκριση του καταστατικού στις 18 Φεβρουαρίου 1931 εκλέγεται το 1ο Διοικητικό Συμβούλιο με πρόεδρο τον Αναστάση Λύρατζη, αντιπρόεδρο το Κυριάκο Δρακούλη, γραμματέα το Στέλιο Τσερόπουλο, γενικό αρχηγό το Βασίλη Βουδούρη και έφορο το Μήτσο τον Ρήγα.[2][3][4]
Στα μέσα της δεκαετίας του 1930 η Α.Ε. Τρίγλιας Ραφήνας παύει να λειτουργεί λόγω κρίσης ηγεσίας και έλλειψης γηπέδου. Το 1936 η ομάδα επανιδρύεται μα στη θέση του γηπέδου είχε κατασκευαστεί η παγοποιία κι έτσι πάρθηκε η απόφαση να μεταφερθεί το γήπεδο στη σημερινή του θέση. Ο χώρος αυτός ήταν γεμάτος άμμο και το χειμώνα γέμιζε θαλασσινό νερό με αποτέλεσμα το γήπεδο να είναι ανισόπεδο σχεδόν συνέχεια παρά τις προσπάθειες των οπαδών της ομάδας να το διατηρήσουν ίσιο. Το 1957 άρχισε η περίφραξη του γηπέδου και το θαλασσινό νερό άρχισε να φεύγει.[4]
Σε αυτά τα πρώτα χρόνια της ιστορίας της έδωσε πλήθος φιλικών αγώνων με διάφορες ομάδες από την Αθήνα και τον Πειραιά όπως η Δάφνη Γούβας, ο Πανεξαρχειακός, η Ένωση Εμποροϋπαλλήλων Αθηνών και ο Ελλήσποντος Κοκκινιάς μεταξύ άλλων, αλλά και με γειτονικές ομάδες από τα Σπάτα, το Λιόπεσι (Παιανία) και το Κορωπί.[2][4]
Κατοχή και Αντίσταση
Τα χρόνια της κατοχής οι δραστηριότητες των αθλητικών συλλόγων ήταν περιορισμένες, αλλά δεν ίσχυσε αυτό για την Α.Ε. Τρίγλιας Ραφήνας. Αφού πήραν άδεια από τους ναζί με το πρόσχημα να παίξουν κάποια φιλικά με τις ομάδες των κατοχικών δυνάμεων που έδρευαν στη Ραφήνα, η ομάδα επαναλειτούργησε με έναν κατά λέξη περιορισμό: «Να συζητάτε μόνο για σπορ». Φυσικά οι Ραφηνιώτες αγνόησαν αυτήν την εντολή και μέσα στο γραφείο, της ομάδας συνεδρίαζαν κρυφά οι Ε.Α.Μ.ίτες.[2][4]
Περίοδος 1960–1980
Το 1964 η Α.Ε. Τρίγλιας Ραφήνας αναγνωρίστηκε επίσημα από την Ε.Π.Ο. με Αριθμό Μητρώου 1102 και εντάχθηκε στη δύναμη της Ε.Π.Σ. Αθηνών ξεκινώντας την επίσημη αγωνιστική της πορεία από την Δ΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών τη σεζόν 1964-65, που αποτελούσε την 7η τη τάξει κατηγορία της Ε.Π.Σ. Αθηνών. Από την επόμενη σεζόν βρέθηκε στη Β1 Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών έπειτα από αναδιάρθρωση και από τη σεζόν 1967-68 στην Γ΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών μετά από νέα αναδιάρθρωση που ακολούθησε. Το 1967 αφαιρέθηκε από τη Δικτατορία των Συνταγματαρχών ο όρος «Ένωσις» από την επωνυμία του Συλλόγου και αντικαταστάθηκε με τον όρο «Όμιλος», μετονομαζόμενη σε «Αθλητικός Όμιλος Τρίγλιας Ραφήνας». Τη σεζόν 1968-69 κατέκτησε το πρωτάθλημα του 1ου ομίλου και κατόπιν, νικώντας με 2-1 την Αθηναΐδα Κυψέλης[5] αναδείχθηκε υπέρ-πρωταθλήτρια της Γ΄ Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Αθηνών και προβιβάστηκε στη Β΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών. Τη σεζόν 1969-70 κατέκτησε το πρωτάθλημα του 2ου ομίλου της Β΄ Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Αθηνών και προβιβάστηκε στην Α΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών.
Στην πρώτη τη τάξει κατηγορία της Ε.Π.Σ. Αθηνών αγωνίστηκε από τη σεζόν 1970-71 έως τη σεζόν 1975-76, όποτε και υποβιβάστηκε στη Β΄ Κατηγορία Ε.Π.Σ. Αθηνών. Τη σεζόν 1978-79 έχασε την άνοδο σε αγώνα κατάταξης με τον Α.Ο. Κηπούπολης, κάτι που τελικά κατάφερε τη σεζόν 1980-81 κατακτώντας το πρωτάθλημα του 2ου ομίλου.
Στην Δ΄ Εθνική αγωνίστηκε 3 συνεχόμενες χρονιές. Αρχικά, την περίοδο 2010-11 τερμάτισε στην δεύτερη θέση του 9ου ομίλου, ενώ την περίοδο 2011-12 γλύτωσε τον υποβιβασμό χάρη στην εντός έδρας νίκη κόντρα στον ιστορικό Εθνικό Πειραιώς την τελευταία αγωνιστική. Αυτή η ήττα του Εθνικού από την ομάδα της Ραφήνας σήμαινε και τον υποβιβασμό της πειραιώτικης ομάδας στα τοπικά πρωταθλήματα για πρώτη φορά στην ιστορία του. Μάλιστα σημειώθηκαν και επεισόδια μετά τη λήξη του αγώνα.[9] Τη σεζόν 2012-13, με προπονητή τον Ασλάνογλου, ο Α.Ο. Τρίγλιας Ραφήνας τερμάτισε 6η του ενάτου ομίλου της Δ΄ Εθνικής,[10] εξασφαλίζοντας έτσι την άνοδό της στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία,[11] με νίκη επί του Α.Π.Ο. Κερατσίνι την προτελευταία αγωνιστική με 4-0.[12]
Η παρουσία στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία (2013–2018)
Έπειτα την άνοδο του Α.Ο. Τριγλίας Ραφήνας στην Γ΄ Εθνική, αρχικά την περίοδο 2013-2014, στην πρώτη συμμετοχή της στην εν λόγω εθνική κατηγορία, τερμάτισε αξιοπρεπώς στην 4η θέση του έκτου ομίλου (ο οποίος συμπεριλάμβανε ιστορικές και ανταγωνιστικές ομάδες, μεταξύ των οποίων Α.Ε.Κ., Α.Ο. Αιγάλεω, Ηρόδοτος Αλικαρνασσού κ.α.), ενώ αντίθετα την αμέσως επόμενη 2014-2015 τερμάτισε 4 θέσεις πιο κάτω, πιο συγκεκριμένα στην 8η θέση του 4ου ομίλου. Την περίοδο 2015-2016 τερμάτισε στην 3η θέση (και υψηλότερη που κατέλαβε από ποτέ) στον 4ο όμιλο, εξασφαλίζοντας άνετα την παραμονή της για τρίτη συνεχόμενη χρονιά στην Γ΄ Εθνική. Την περίοδο 2016-17 τερμάτισε στην 8η θέση του 4ου ομίλου και την περίοδο 2017-18 τερμάτισε στην 10η θέση του 7ου ομίλου, γνωρίζοντας τον υποβιβασμό μετά από 5 χρονιές στην Γ΄ Εθνική.
Τμήματα υποδομών
Ο Α.Ο. Τρίγλιας Ραφήνας διαθέτει ισχυρές ακαδημίες με αριθμό πάνω από 160 αθλητών. Αυτήν την περίοδο βρίσκονται στην πρώτη ομάδα 15 γηγενείς ποδοσφαιριστές από τις ακαδημίες του συλλόγου.