Η σημαία του Νότιου Σουδάν καθιερώθηκε έπειτα από την υπογραφή της ειρηνευτικής συμφωνίας με την οποία τερματίστηκε ο Δεύτερος σουδανικός Εμφύλιος Πόλεμος.[1] Νωρίτερα, η σημαία χρησιμοποιούνταν από Λαϊκό Απελευθερωτικό Κίνημα του Σουδάν. Είναι παρόμοια με τη σημαία της Κένυας με την προσθήκη ενός γαλάζιου τριγώνου και ενός χρυσού αστεριού στο προσίστιο μέρος. Τα χρώματα φέρονται να συμβολίζουν το λαό του Νότιου Σουδάν (μαύρο), την αιματοχυσία για την ελευθερία (κόκκινο), τη γη (πράσινο), ενώ το αστέρι είναι σύμβολο για το Αστέρι της Βηθλεέμ.[2]
