Η σκακιστική ομάδα του Παναθηναϊκού ιδρύθηκε το 1959 με πρωτεργάτη τον Γεράσιμο Ναστάτο. Από το 1960 οι Αναστασόπουλος, Τρικαλιώτης και Γρηγορίου, έχοντας τη στήριξη του ερασιτέχνη Παναθηναϊκού και ικανοποιώντας το αίτημα αρκετών φίλων του αθλήματος, συγκρότησαν την ομάδα σκακιού.
1960-1976
Το 1964 η ομάδα του Παναθηναϊκού κατέκτησε Πρωτάθλημα Ελλάδας με πρωταγωνιστές τους Τρικαλιώτη (ο οποίος διακρίθηκε και σε παγκόσμιο επίπεδο), Κόκκορη και Γρηγορίου. Την επόμενη χρονιά ο Παναθηναϊκός τερμάτισε στη δεύτερη θέση. Το 1966 αναδείχθηκε και πάλι πρωταθλητής έχοντας στις 6 από τις 10 πρώτες θέσεις της κατάταξης αθλητές του, ενώ ο Α. Αναστασόπουλος αναδείχθηκε πρωταθλητής σε ατομικό επίπεδο.
Το 1969 αναδείχθηκε και πάλι πρωταθλητής με κορυφαίο το Χρήστο Κόκκορη, ο οποίος στον τελικό αντιμετώπισε τον επίσης αθλητή του Παναθηναϊκού Ν. Καζιλάρη. Ο ίδιος επανέλαβε την επιτυχία και την επόμενη χρονιά δίνοντας ένα ακόμη τίτλο στον ΠΑΟ. Το 1971 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε και πάλι το πρωτάθλημα Ελλάδας χωρίς ωστόσο να καταφέρει να επιτύχει κάποια ατομική πρωτιά.
Το 1968 επίσης ο Γ. Τρικαλιώτης αναδείχθηκε ισόπαλος με το Μπομπι Φίσερ έναν από τους κορυφαίους σκακιστές στην ιστορία του αθλήματος. Τα 1973 και 1974 ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας. Το 1976 ο Παναθηναϊκός με πρωταγωνιστές τους Βυζαντιάδη και Γρηγορίου κατέκτησε το Πρωτάθλημα ολοκληρώνοντας τον κύκλο των συλλογικών διακρίσεων.
1976-1996
Τα επόμενα χρόνια το τμήμα οδηγήθηκε σταδιακά σε παρακμή και ο σύλλογος δεν κατάφερε να πρωταγωνιστήσει ξανά. Εξακολουθεί θεωρητικά να υφίσταται, όμως από τη δεκαετία του 90 έχει πάψει να λειτουργεί.
Επανίδρυση
Στις 28 Δεκεμβρίου 2020 ανακοινώθηκε η επανίδρυση του τμήματος[1] και η στελέχωσή του με τους πρώτους 13 αθλητές.[2][3] Ο Σύλλογος ξεκίνησε την πορεία του από την Β' τοπική κατηγορία[4]. Πέτυχε άμεσα την άνοδο του στην Α' τοπική, το 2022, καταλαμβάνοντας την πρώτη θέση με εννέα νίκες σε ισάριθμους αγώνες[5] Την αμέσως επόμενη περίοδο, πάλι με εννέα νίκες σε ισάριθμους αγώνες, κατέκτησε το πρωτάθλημα τοπικής κατηγορίας το 2023, και ανέβηκε στην Γ Εθνική κατηγορία.[6] Την επόμενη περίοδο, κατέκτησε αήττητος το πρωτάθλημα Γ' Εθνικής κατηγορίας, το 2024, και ανέβηκε στην Β' Εθνική κατηγορία.[7]
Σημ.: Ο ίδιος ο σύλλογος παραθέτει 4 Διασυλλογικά Πρωταθλήματα Ελλάδας (1966, 1970, 1971, 1973), 6 Πρωταθλήματα Ελλάδας Ομαδικής Βαθμολογίας (1960, 1961, 1962,[9] 1963, 1964, 1965) , 4 Πρωταθλήματα Ελλάδας Ομαδικής Κατάταξης (1960, 1961, 1962,[9] 1963) και 2 Κύπελλα Ελλάδας (1973[10][11], 1974)[12], σε χρονιές που η Ελληνική Σκακιστική Ομοσπονδία δεν διαθέτει στοιχεία.
Άλλοι
Πρωτάθλημα Γ' Εθνικής κατηγορίας Αττικής: 2024 [7]
Πρωτάθλημα Α' τοπικής κατηγορίας Αττικής: 2023 [6]
Πρωτάθλημα Β' τοπικής κατηγορίας Αττικής: 2022 [5]
Κύπελλο Βετεράνων S50 Αττικής: 2024
Ομαδικό Ανδρών Κύπελλο Αττικής ΕΣΣΝΑ "Μπίκου": 2024
Ομαδικό Ανδρών Κύπελλο Αττικής ΕΣΣΝΑ "Λάζαρος Δρεπανιώτης": 2024