Το 1512 οι Οθωμανοί εισέβαλαν στο Ιμερέτι μέσω της νότιας γειτονικής χώρας Σάμτσχε και επιτέθηκαν απροσδόκητα την πρωτεύουσα τού Βαγράτ Γ΄, το Κουτάισι.
Μετά την αποχώρηση του Οθωμανικού στρατού από το Ιμερέτι, ο Βαγράτ Γ΄ ξεκίνησε ένα πρόγραμμα αποκατάστασης, αναδιοργάνωσε την Εκκλησία και επέβαλε νόμο που καταδίκαζε σε θάνατο όλους όσους ασχολούνταν με το δουλεμπόριο, το οποίο ασκούσαν οι Οθωμανοί σε συνδυασμό με μερικούς Γεωργιανούς ευγενείς. Το 1533 έπεισε τον Μσμία Α΄ Γκουριέλι της Γκουρία και τον Mαμία Γ΄ Νταντιάνι της Μινγκρελία να οργανώσει μία συνδυασμένη -και τελικά καταστροφική- εκστρατεία ενάντια στην πειρατική, Βόρεια του Καυκάσου φυλή των Zίχι, η οποία είχε περιέλθει κάτω από την Οθωμανική επιρροή. Παρά την ήττα αυτή, ο Βαγράτ Γ΄ αποφάσισε τώρα να δώσει ένα πλήγμα στις Οθωμανικές θέσεις στη νότια Γεωργία. Το 1535 εισέβαλε στο πριγκιπάτο του Σάμτσχε, το οποίο εκμεταλλεύοντο οι Οθωμανοί ως πύλη για τις επιδρομές τους στα εδάφη της Γεωργίας. Στη μάχη του Μουρτζαχέτι κοντά στο Aχαλκαλάκι, ο Βαγράτ Γ΄ νίκησε και αιχμαλώτισε τον Κβαρκβάρε Γ΄, πρίγκιπα (atabeg) τoυ Σάμτσχε και προσάρτησε το μεγαλύτερο μέρος των εκτάσεών του στο Ιμερέτι. Κατόπιν αιτήματος τού γιου τού Κβαρκβάρε Γ΄, Kαϊχοσρό Β΄, ο Οθωμανικός στρατός εισέβαλε στην Ιμερέτι, αλλά κατατροπώθηκε από τον Βαγράτ Γ΄ και τον σύμμαχό του Ροστόμ, πρίγκιπα της Γκουρία. Ωστόσο ο Λέβαν Α΄ Νταντιάνι πρίγκιπας της Μινγκρελία αψήφησε το κάλεσμα του Βαγράτ Γ΄ στα όπλα και αργότερα τάχθηκε στο πλευρό των Οθωμανών, ταξιδεύοντας μάλιστα στην Κωνσταντινούπολη, όπου έλαβε δώρα και διαβεβαιώσεις προστασίας.
Το 1545 ο Βαγράτ Γ΄ και ο σύμμαχός του Λουαρσάμπ Α΄ του Κάρτλι υπέστησαν μία πικρή ήττα στη μάχη της Σοχόιστα το 1545. Ως αποτέλεσμα το Σάμτσχε αποσπάστηκε από τον έλεγχο του Βαγράτ Γ΄ και πέρασε υπό την Οθωμανική ηγεμονία. Τα επόμενα χρόνια, τα πριγκιπάτα της Μινγκρελία και της Γκουρία επιβεβαίωσαν επίσης την de facto ανεξαρτησία τους από το στέμμα τηου Ιμερέτι, μειώνοντας περαιτέρω τη βασιλική εξουσία. Το 1555 στη Συνθήκη της Αμάσειας, η Οθωμανική και η Περσική αυτοκρατορία χώρισαν τη Γεωργία, με την Ιμερέτη να περιέρχεται στην Οθωμανική σφαίρα επιρροής. Ο Βαγράτ Γ΄ προσπάθησε να διαταράξει την Οθωμανο-Περσική συμφωνία, προωθώντας αξιώσεις στην πόλη Σουράμι, που βρισκόταν στην Περσική ζώνη στην ανατολική Γεωργία. Ωστόσο η κίνηση δεν επέτυχε και ο Βαγράτ Γ΄ αναγκάστηκε να πληρώσει φόρο υποτέλειας στους Οθωμανούς. Απεβίωσε το 1565 και τον διαδέχθηκε ο γιος του Γεώργιος Β΄ .
Οικογένεια
Νυμφεύτηκε με μία γυναίκα που ονομαζόταν Ελένη, που σπεβίωσε το 1565. Είχε τέσσερις γιους και δύο κόρες:
Γεώργιος Β΄ απεβ. το 1585, βασιλιάς του Ιμερέτι (1565–1585).
Κωνσταντίνος απεβ. το 1587, αντιβασιλιάς του Ιμερέτι (1585–1586).
.svg)
