Το λήμμα δεν περιέχει πηγές ή αυτές που περιέχει δεν επαρκούν.Μπορείτε να βοηθήσετε προσθέτοντας την κατάλληλη τεκμηρίωση. Υλικό που είναι ατεκμηρίωτο μπορεί να αμφισβητηθεί και να αφαιρεθεί.
Η σήμανση τοποθετήθηκε στις 18/04/2016.
Σε ηλικία τριών ετών προσβλήθηκε από ασθένεια που τον κατέστησε παράλυτο στο αριστερό του σώμα, προκαλώντας επίσης απώλεια μνήμης. Ο πατέρας του τον έχρισε 11ο δούκα της Μπραγκάνσα και τον διαδέχθηκε σε ηλικία 13 ετών υπό την αντιβασιλεία της μητέρας του Λουίζας. Η Λουίζα πέτυχε σημαντικές επιτυχίες σε μάχες απέναντι στην Ισπανία, με αποτέλεσμα στη Συνθήκη της Λισαβόνας (1668) να πετύχει την αναγνώριση της ανεξαρτησίας του πορτογαλικού βασιλείου από την Ισπανία. Εν τω μεταξύ, η Σρι Λάνκα κατακτήθηκε οριστικά από τους Ολλανδούς, ενώ η Λουίζα παραχώρησε τη Βομβάη στην Αγγλία ως προίκα για το γάμο της κόρης της, Αικατερίνη της Μπραγκάνσα, με τον Άγγλο βασιλιά Κάρολο Β΄ το 1661. Με μεσολάβηση της Αγγλίας (1661) οι Κάτω Χώρες αναγνώρισαν την κατοχή της Βραζιλίας από την Πορτογαλία, σε αντάλλαγμα του ελέγχου των Ολλανδών στη Σρι Λάνκα.
Το 1662 ο κόμης του Καστέλλο Μελόρ βρήκε την ευκαιρία να αποσπάσει την εύνοια του βασιλιά κατηγορώντας τη μητέρα του σε αυτόν ότι έχει στόχο να του πάρει την εξουσία και να τον στείλει εξορία. Ο Αλφόνσος πείστηκε και έκλεισε τη μητέρα του σε μοναστήρι. Το 1666 παντρεύτηκε τη Μαρία-Φραγκίσκη της Σαβοΐας, η οποία τον χώρισε την επόμενη χρονιά λόγω ανικανότητας και παντρεύτηκε τον μικρότερο αδελφό του και διάδοχο Πέτρο. Τότε ο Πέτρος προσπάθησε να πείσει το αδελφό του να του δώσει την αντιβασιλεία και τον έλεγχο της εξουσίας. Ο Αλφόνσος αυτοεξορίστηκε για επτά χρόνια στις Αζόρες και επέστρεψε λίγο πριν το τέλος του.
Οικογένεια
Νυμφεύτηκε το 1666 τη Μαρία-Φραγκίσκα της Σαβοΐας, κόρη του Καρόλου-Αμεδαίου δούκα του Νεμούρ. Δεν απέκτησαν απογόνους και η Μαρία-Φραγκίσκη ζήτησε το 1667, λόγω ανικανότητάς του, την ακύρωση του γάμου. Η Εκκλησία της έδωσε το 1668 την ακύρωση και έτσι αυτή έκανε δεύτερο γάμο με τον αδελφό του Πέτρο Β΄ της Πορτογαλίας.