Ο Άγιος Μάρκος είναι παραθαλάσιος οικισμός σχεδόν στο άκρο του νοτιοδυτικού τμήματος του νομού Ηρακλείου, στον όρμο των Καλών Λιμνιώνων. Βρίσκεται κοντά στην έξοδο του «Αγιοφάραγγου», δίπλα στους Καλούς Λιμένες και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 20. Απέχει 73 χλμ. περίπου ΝΔ. του Ηρακλείου.[4][5][6][7]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1981 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Πηγαϊδακίων. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από κοινότητα Πηγαϊδακίων και προσαρτήθηκε στον δήμο Μοιρών. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Μοιρών και προσαρτήθηκε στον δήμο Φαιστού.[3]
Αξιοθέατα
Η εκκλησία του Αγίου Παύλου όπου, κατά την παράδοση, αποβιβάστηκε ο Απόστολος Παύλος, όταν τον μετέφεραν στη Ρώμη
Τα νησάκια Μικρονήσι, Μεγαλονήσι και Παπαδόπλακα απέναντι από τον οικισμό
Η παραλία «Στενά» του οικισμού
Το ακρωτήρι Λίθινο, το απώτατο νοτιοδυτικό άκρο του νομού Ηρακλείου, δυτικά του οικισμού
Το Αγιοφάραγγο, μικρό φαράγγι, αλλά από τα ομορφότερα στην Κρήτη, με τη λιμνοθάλασσα και την παραλία του, δυτικά του οικισμού
