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Vor der Besiedlung des Gebiets von Woodinville durch europäische Auswanderer gehörte das Land den einheimischen Samish, einer zu den Küsten-Salish gehörenden Gruppe indigener Ethnien, die Teile der PazifikküsteNordamerikas im Raum Washington bewohnte.
Susan Woodin und ihr Ehemann Ira zogen aus Seattle an den Sammamish River, bauten dort eine Hütte und züchteten Nutzvieh und lebten von der Holzfällerei;[3] eine Ansiedlung entwickelte sich allmählich um sie herum. Ihre Hütte diente als erste Schule und Post, und Susan Woodin wurde zur Postmeisterin ernannt; Ira Woodin und sein Schwiegersohn Thomas Sanders errichteten später den ersten Gemischtwarenladen.
Wie in anderen nahe gelegenen Städten begann Woodinville als Holzfällergemeinde und entwickelte sich im frühen 20. Jahrhundert zu einem landwirtschaftlichen Zentrum. Nach dem Zweiten Weltkrieg entwickelte sich Woodinville zu einem Vorort von Seattle. 1969 traten Rockbands wie Led Zeppelin und The Guess Who beim Seattle Pop Festival im Gold Creek Park von Woodinville auf.
Das Wachstum des benachbarten Bothell führte in den frühen 1990er Jahren zu Überlegungen, Woodinville Bothell anzuschließen. Die Bewohner von Woodinville stimmten 1992 für dessen Gründung, die am 31. März 1993 offiziell erfolgte.