1990 wurde er als Admiral Kommandeur der 6. US-Flotte im Mittelmeer. Im Anschluss war er von 1992 bis 1994 Stellvertretender Chef der Marineoperationen (Deputy Chief of Naval Operations). Am 1. März 1994 wurde Admiral Owens Stellvertretender Vorsitzender der Vereinigten Stabschefs (Joint Chiefs of Staff) und behielt diesen Posten bis zu seiner Versetzung in den Ruhestand am 27. Februar 1996.
Anschließend wechselte er in die Privatwirtschaft, wo er als Manager tätig wurde. Als solcher war er Vorstandsmitglied von AEA Investors, Daimler-Chrysler und Polycom. Zwischen 1999 und 2003 war er Vizevorsitzender und Co-CEO der Teledesic Corporation sowie danach bis 2004 deren CEO. Anschließend war er zwischen 2002 und 2005 Vorstandsmitglied und zugleich 2004 und 2005 CEO von Nortel. Darüber hinaus war er zeitweise Präsident, Vizevorsitzender und Chief Operating Officer (COO) von Science Applications International Corporation (SAIC).
