Villarrubia de Santiago liegt im Norden der historischen Landschaft der La Mancha ca. 60 km (Fahrtstrecke) ostsüdöstlich der Stadt Toledo in einer Höhe von ca. 750 m. Der Tajo durchfließt den nördlichen Teil der Gemeinde. Durch die Gemeinde führt die Autovía A-40.
Das Klima im Winter ist rau, im Sommer dagegen trocken und warm; der spärliche Regen (ca. 460 mm/Jahr) fällt überwiegend in den Wintermonaten.[2]
