Thomas Lowndes entstammte einer bekannten Politikerfamilie. Sein Vater Rawlins Lowndes (1721–1800) war Gouverneur von South Carolina. Sein Bruder William (1782–1822) vertrat zwischen 1811 und 1822 ebenfalls den Staat South Carolina im US-Repräsentantenhaus. Thomas genoss zunächst eine private Ausbildung in seinem Elternhaus. Danach besuchte er die Grammar Schools in Charleston. Nach einem anschließenden Jurastudium und seiner im Jahr 1789 erfolgten Zulassung als Rechtsanwalt begann er in Charleston in seinem neuen Beruf zu praktizieren.
Bei den Wahlen des Jahres 1804 verlor Lowndes gegen Robert Marion von der Demokratisch-Republikanischen Partei. 1808 scheiterte eine weitere Kandidatur für den Kongress. Danach zog er sich aus der Politik zurück und bewirtschaftete seine Ländereien. Unter anderem gehörte ihm die Oaklands-Plantage. Thomas Lowndes starb am 8. Juli 1843 in seiner Heimatstadt Charleston.