Sistels liegt etwa 46 Kilometer westlich von Montauban. Umgeben wird Sistels von den Nachbargemeinden Dunes im Norden und Nordwesten, Saint-Cirice im Osten, Saint-Antoine im Südosten, Flamarens im Süden, Miradoux im Südwesten sowie Gimbrède im Westen und Südwesten.