In der Flaggenkunde unterscheidet man dabei zwischen der Handelsflagge für zivile Schiffe und der Seekriegsflagge für Kriegsschiffe. Daneben gibt es gelegentlich auch eigene Versionen für verschiedene Behörden, wie zum Beispiel den Zoll oder die Post. Spanien verfügt außerdem über eine eigene Flagge für Yachten.[1]
Das Design der Seeflaggen kann sich sehr von der allgemein sonst üblichen Nationalflagge unterscheiden. Manche Länder verwenden allerdings auch einfach dieselbe Flagge zur See wie an Land, fügen das Staatswappen oder andere Symbole hinzu oder ändern nur das Seitenverhältnis oder die Form, zum Beispiel in eine Flagge mit Schwalbenschwanz. Weit verbreitet ist auch, nach britischem Vorbild die Nationalflagge in die Gösch der Flagge zu setzen.