Ein Grund für fehlende Schiffbarkeit kann die unzureichende Wassertiefe durch niedrige sommerliche Wasserstände sein. Auch durch Hindernisse wie Treibgut oder Eisgang können Gewässer vorübergehend ihre Schiffbarkeit verlieren. Bei Eisbildung kann eine starke Eisdecke die Schifffahrt gänzlich zum Erliegen bringen.
Hochwasser kann ebenfalls zum vorübergehenden Verlust der Schiffbarkeit führen, da große Uferschäden durch Schwell bzw. Wellenschlag zu erwarten sind. Auch die Strömungsgeschwindigkeit kann erhöht sein, so dass das Manövrieren erschwert wird. Zudem besteht die Gefahr von großem Treibgut wie Baumstämmen; die Durchfahrtshöhe unterhalb von Brücken reduziert sich, Anlegestellen und Poller könnten überschwemmt und damit unzugänglich sein.
Bei den meisten Gewässern ändert sich der Pegel und damit die Schiffbarkeit regelmäßig; während sich der Pegel in Tidegewässern wie der Unterelbe zweimal täglich ändert, handelt es sich in den oberen Flussabschnitten meist um jährliche Prozesse.