Schaftlach wurde erstmals im Jahre 1015[1] erwähnt. Die Heilig-Kreuz-Kirche im Dorfzentrum gehörte bis zur Säkularisation 1803 zur Pfarrei Gmund des Klosters Tegernsee und wurde dann zu einer eigenständigen Pfarrei. Die Kirche wurde von dem Tegernseer Klosterbaumeister Alex Gugler erbaut und am 4. August 1476 geweiht. Das Schaftlacher Kreuz befindet sich darin.
Während des Dreißigjährigen Krieges (1618–1648) wurde Schaftlach von schwedischen Truppen und der Pest zum großen Teil zerstört.