Der Ort war Teil der 1122 entstandenen Mark Steiermark, die 1180 als Herzogtum Steiermark von Bayern getrennt wurde. Ab 1192 wurde das Gebiet durch die Babenberger in Personalunion zwischen Österreich und der Steiermark regiert. Von 1282 bis 1918 stand das Gebiet unter der Herrschaft der Habsburger.
1849/50 wurde die politische Gemeinde Sankt Margarethen errichtet.[4]
Am 6. November 1918 kam Sankt Margarethen bei Knittelfeld als Teil der Steiermark zur Republik Deutsch-Österreich. Nach dem Anschluss Österreichs 1938 an das Deutsche Reich kam der Ort zum Reichsgau Steiermark. 1945 bis 1955 war er Teil der britischen Besatzungszone in Österreich.
Am 2. Oktober 1993 wurde in der Gemeinde ein Biotop mit einer Festveranstaltung eröffnet und mit der Verleihung des Umweltschutzpreises des Landes Steiermark gewürdigt. Seit dieser Zeit bietet der Ort einerseits einen Lebensraum für viele Tiere und Pflanzen aber auch ein Erholungsgebiet für Menschen.
2012 wurde der kleine See vom Projekt Spielberg (Dietrich Mateschitz) übernommen und als Freizeitbetrieb unter der Marke Grüne Lagune betrieben. Der Badeteich hat laut Eigenaussage Wasserqualität 1 (Trinkwasser), bot ein verpachtetes Restaurant und Möglichkeiten für Freizeitsport.
Im März 2018 wurde publik, dass der Eigner wenig Interesse zeigt, den Freizeitbetrieb in der Saison Sommer 2018 wieder zu öffnen, nachdem sich der Pächter des Restaurants zurückzogen hatte. Dem Bürgermeister wäre der Weiterbetrieb jedoch ein Anliegen gewesen.[6]
Die Verleihung des Gemeindewappens erfolgte mit Wirkung vom 1. Mai 1980. Die Blasonierung (Wappenbeschreibung) lautet:[10]
„In einem silbernen Schild wachsend pfahlweise zwei rote Ruder im Schildfuß zwischen drei roten langgestielten Hämmern; die aneinanderstoßenden Hämmer selbst reichen bis zur Schildmitte und bilden einen Balken, über dem ein herschauender grüner Drache durch ein schwarzes Halsband und eine schwarze Kette in der Mitte des oberen Schildrandes angekettet ist.“
Wegen der Gemeindefusionierung verloren alle Wappen der Vorgängergemeinden mit 1. Jänner 2015 ihre offizielle Gültigkeit.
Die Wiederverleihung von unverändertem Gemeindewappen und Beschreibung für Sankt Margarethen erfolgte mit Wirkung vom 20. März 2016.[11]
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