Ruggero Marzoli begann seine Karriere 1999 bei Cantina Tollo. Seinen ersten Erfolg konnte er erst 2003 feiern, nachdem er zu Alessio gewechselt war. Er gewann eine Etappe bei Tirreno–Adriatico und beendete das Rennen auf dem dritten Gesamtrang. 2004 ging er zu Acqua & Sapone, nahm am Giro d’Italia teil und beendete ihn auf dem 23. Platz. In der Saison 2005 gewann Marzoli eine Etappe der Slowenien-Rundfahrt und das italienische Eintagesrennen Trofeo Matteotti. Die UCI Europe Tour 2005 schloss er auf dem vierten Rang ab. 2006 fuhr er für das italienische ProTour-Team Lampre-Fondital. Im Jahr 2008 wurde Marzoli für sechs Monate wegen Dopings gesperrt. Ende der Saison 2012 beendete er seine Karriere.
