Bei der EM 1996 in England pfiff er das Spiel zwischen Bulgarien und Rumänien. Nachdem er im Spielverlauf ein vermeintlich reguläres Tor übersehen hatte, sah er sich im Anschluss teils heftiger Kritik ausgesetzt.[2]
Peter Mikkelsen war als Schiedsrichterbeobachter der UEFA aktiv und kümmerte sich intensiv um den dänischen Schiedsrichternachwuchs. Er war Mitglied der Schiedsrichterkommission der FIFA. 1992 war er Mitglied einer von Sepp Blatter initiierten Expertenkommission, die unter dem Namen „Task Force 2000“ Überarbeitungen der Fußballregeln vorschlug. Dazu gehörten insbesondere die später umgesetzte Änderung der Rückpassregel, aber auch Ideen zu Zeitstrafen und der Einführung eines Sudden-Death-Modus zur Entscheidungsfindung in der Verlängerung.[3]
Am 30. Januar 2019 erlag Mikkelsen im Alter von 58 Jahren einem Krebsleiden.[1] Zuvor war er seit Jahren wegen einer mit der Krankheit einhergehenden halbseitigen Lähmung auf einen Rollstuhl angewiesen.[4]